[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
بخش‌های اصلی
صفحه اصلی::
اطلاعات نشریه::
آرشیو مجله و مقالات::
برای نویسندگان::
برای داوران::
ثبت نام و اشتراک::
تماس با ما::
تسهیلات پایگاه::
بایگانی مقالات زیر چاپ::
فهرست داوران همکار::
::
جستجو در پایگاه

جستجوی پیشرفته
..
دریافت اطلاعات پایگاه
نشانی پست الکترونیک خود را برای دریافت اطلاعات و اخبار پایگاه، در کادر زیر وارد کنید.
..
ISSN
شاپای آنلاین: ISSN 2676-7309
شاپای چاپی: ISSN 2383-1367
..




 
..
:: دوره 11، شماره 1 - ( 1403 ) ::
جلد 11 شماره 1 صفحات 102-89 برگشت به فهرست نسخه ها
بررسی تنوع ژنتیکی برخی از گونه‌‌های بنفشه ایرانی (.Viola sp) با استفاده از نشانگر مولکولی iPBS
فرانه روشن ، محمد ربیعی* ، بهروز شیران
گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران ، rabiei@sku.ac.ir
چکیده:   (359 مشاهده)
گیاه بنفشه (spp.Viola ) متعلق به خانواده بنفشگان ازجمله گیاهان زینتی است که به‌دلیل داشتن ترکیبات سیکلوتیدی در طراحی و ساخت داروها قابل استفاده است. در این پژوهش از 21 اکوتیپ مختلف بنفشه از مناطق شمالی ایران نمونه‌برداری شد و بعد از استخراج DNA، با استفاده از نشانگر مولکولی iPBS مورد ارزیابی تنوع ژنتیکی قرار گرفتند. بر اساس نتایج به‌دست آمده، در مجموع 214 نوار برای نشانگر iPBS حاصل شد. میانگین درصد چندشکلی مشاهده شده، محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) و شاخص نشانگر (MI) به‌ترتیب 92.31 درصد، 0.35 درصد و 5.64 محاسبه شد. مقادیر شاخص فاصله ژنتیکی Nei نیز بین صفر و 0.66 قرار داشت. نتایج حاصل از این پژوهش بیانگر تنوع ژنتیکی قابل‌توجه بین اکوتیپهای بنفشه ایران است و بهنظر میرسد که استفاده از نشانگر iPBS برای ارزیابی تنوع ژنتیکی در این گونه مناسب باشد. نتایج مربوط به تجزیه و تحلیلهای بین‌گونه‌ای و درون‌گونه‌ای نشان داد که 61 درصد از تنوع مربوط به تنوع درون‌گونه‌ای است. بیشترین میزان پلی‌مورفیسم (چندشکلی)، تعداد آلل، تعداد آلل مؤثر، شاخص شانون و نسبت هتروزیگوسیتی مربوط به گونههای V. odorata و V. alba بود. بررسی فواصل ژنتیکی نی و ترسیم دندروگرام هم نشان داد که این دو گونه کمترین فاصله ژنتیکی را با هم دارند. به‌طور کلی با توجه به اطلاعات تاکسونومیکی موجود و نتایج به‌دست آمده از این آزمایش میتوان گفت که استفاده از نشانگر iPBS کارایی بالایی در مطالعات سیستماتیک جنس Viola دارد. نتایج این آزمایش باعث تفکیک مؤثر اکوتیپها و گونهها شد که در مطالعات اصلاحی نیز میتواند مورد استفاده قرار گیرد.
واژه‌های کلیدی: پلی‌مورفیسم، تجزیه و تحلیل‌های بین‌گونه‌ای، فاصله ژنتیکی
متن کامل [PDF 762 kb]   (33 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: ژنتیک مولکولی
فهرست منابع
1. Abolghasemi, S., Naderi, R. and Fattahi Moghadam, M. (2020). Evaluation of genetic diversity in Iranian Violet (Viola spp) populations using morphological and RAPD molecular markers. Journal of Genetic Resources, 6: 157-171.
2. Anca, T., Philippe, V., Ilioara, O. and Mircea, T. (2009). Composition of essential oils of Viola tricolor and V. arvensis from Romania. Chemistry of Natural Compounds, 45: 91-92. [DOI:10.1007/s10600-009-9244-y]
3. Babaei, S., Talebi, M., Bahar, M. and Zeinali, H. (2014). Analysis of genetic diversity among saffron (Crocus sativus) accessions from different regions of Iran as revealed by SRAP markers. Scientia Horticulturae, 171: 27-31. [DOI:10.1016/j.scienta.2014.03.033]
4. Bennouna, D., Avice, J.C., Rosique, C., Svilar, L., Pontet, C., Trouverie, J., Fine, F., Pinochet, X., Fraser, K. and Martin, J.C. (2019). The impact of genetics and environment on the polar fraction metabolome of commercial Brassica napus seeds: A multi-site study. Seed Science Research, 29: 167-178. [DOI:10.1017/S0960258519000138]
5. Cheon, K.S., Kim, K.A., Kwak, M., Lee, B. and Yoo, K.O. (2019). The complete chloroplast genome sequences of four Viola species (Violaceae) and comparative analyses with its congeneric species. PLoS One, 14: 0214162. [DOI:10.1371/journal.pone.0214162]
6. Dwiningsih, Y. and Alkahtani, J. (2022). Genetics, biochemistry and biophysical analysis of anthocyanin in rice (Oryza sativa L.). Advance Sustainable Science, Engineering and Technology, 4: 0220103. [DOI:10.26877/asset.v4i1.11659]
7. Eghlima, G., Kheiry, A., Sanikhani, M., Hadian, J. and Aelaie, M. (2021). Study of genetic diversity of Glycyrrizha glabra L. populations using ISSR molecular markers. Plant Genetic Researches, 8(1): 81-94 (In Persian). [DOI:10.52547/pgr.8.1.6]
8. Elisafenko, T. (2015). Features of seed germination in different ecological groups of the species of the section Violidum, subgenus Nomimium, genus Viola L. (Violaceae). Contemporary Problems of Ecology, 8: 523-533. [DOI:10.1134/S199542551504006X]
9. Gao, Y.H., Zhu, Y.Q., Tong, Z.K., Xu, Z.Y., Jiang, X.F. and Huang, C.H. (2014). Analysis of genetic diversity and relationships among genus Lycoris based on start codon targeted (SCoT) marker. Biochemical Systematics and Ecology, 57: 221-226. [DOI:10.1016/j.bse.2014.08.002]
10. Gharari, Z., Sharafi, A., Bagheri, K., Yazdinezhad, A. and Bijani, S. (2019). In vitro regeneration and secondary metabolites of Viola caspia subsp. sylvestrioides Marcussen. BioTechnologia Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology, 100: 789-782. [DOI:10.5114/bta.2019.90241]
11. Gogoi, L.R., Singh, S.K. and Sarma, R. (2018). Assessment of genetic diversity in indigenous sesame genotypes. International Journal of Current Microbiology and Applied Sciences, 7: 1509-1520. [DOI:10.20546/ijcmas.2018.706.179]
12. Golkar, P. and Nourbakhsh, V. (2019). Analysis of genetic diversity and population structure in Nigella sativa L. using agronomic traits and molecular markers (SRAP and SCoT). Industrial Crops and Products, 130: 170-178. [DOI:10.1016/j.indcrop.2018.12.074]
13. Gorji, A.M., Poczai, P., Polgar, Z. and Taller, J. (2011). Efficiency of arbitrarily amplified dominant markers (SCoT, ISSR and RAPD) for diagnostic fingerprinting in tetraploid potato. American Journal of Potato Research, 88: 226-237. [DOI:10.1007/s12230-011-9187-2]
14. Haliloğlu, K., Türkoğlu, A., Öztürk, A., Niedbała, G., Niazian, M., Wojciechowski, T. and Piekutowska, M. (2023). Genetic diversity and population structure in bread wheat germplasm from Türkiye using iPBS-retrotransposons-based markers. Agronomy, 13: 255-257. [DOI:10.3390/agronomy13010255]
15. Haliloğlu, K., Türkoğlu, A., Öztürk, H.I., Özkan, G., Elkoca, E. and Poczai, P. (2022). iPBS-retrotransposon markers in the analysis of genetic diversity among common Bean (Phaseolus vulgaris L.) germplasm from Türkiye. Genes, 13: 1147-1150. [DOI:10.3390/genes13071147]
16. Inceer, H., Hayirlioglu-Ayaz, S. and Ozcan, M. (2007). Chromosome numbers of the twenty-two Turkish plant species. Caryologia, 60: 349-357. [DOI:10.1080/00087114.2007.10797958]
17. Jamshidi-Kia, F., Lorigooini, Z. and Amini-Khoei, H. (2017). Medicinal plants: Past history and future perspective. Journal of Herbmed Pharmacology, 7: 1-7. [DOI:10.15171/jhp.2018.01]
18. Kalendar, R. and Schulman, A.H. (2014). Transposon-based tagging: IRAP, REMAP, and iPBS. Molecular Plant Taxonomy: Methods and Protocols, 8: 233-255. [DOI:10.1007/978-1-62703-767-9_12]
19. Khajuria, A.K., Chandra, S., Manhas, R. and Bisht, N. (2019). Effect of different PGRs on in vitro organogenesis in Viola canescens Wall. ex. Roxb. from petiole callus culture. Vegetos, 32: 353-362. [DOI:10.1007/s42535-019-00044-1]
20. Kizilgeci, F., Bayhan, B., Türkoğlu, A., Haliloglu, K. and Yildirim, M. (2022). Exploring genetic diversity and Population structure of five Aegilops species with inter-primer binding site (iPBS) markers. Molecular Biology Reports, 49: 8567-8574. [DOI:10.1007/s11033-022-07689-3]
21. Kwiatkowska, M., Żabicka, J., Migdałek, G., Żabicki, P., Cubała, M., Bohdanowicz, J., Słomka, A., Jędrzejczyk-Korycińska, M., Sliwinska, E. and Sychta, K. (2019). Comprehensive characteristics and genetic diversity of the endemic Australian Viola banksii (section Erpetion, Violaceae). Australian Journal of Botany, 67: 81-98. [DOI:10.1071/BT18233]
22. Marcussen, T. (2003). Evolution, phylogeography, and taxonomy within the Viola alba complex (Violaceae). Plant Systematics and Evolution, 237: 51-74. [DOI:10.1007/s00606-002-0254-5]
23. Marcussen, T. (2006). Allozymic variation in the widespread and cultivated Viola odorata (Violaceae) in western Eurasia. Botanical Journal of the Linnean Society, 151: 563-571. [DOI:10.1111/j.1095-8339.2006.00543.x]
24. Marcussen, T., Ballard, H.E., Danihelka, J., Flores, A.R., Nicola, M.V. and Watson, J.M. (2022). A revised phylogenetic classification for Viola (Violaceae). Plants, 11: 22-24. [DOI:10.3390/plants11172224]
25. MirMohammadi Maibody, S.A.M. and Golkar, P. (2019). Application of DNA molecular markers in plant breeding. Plant Genetic Researches, 6(1): 1-30 (In Persian). [DOI:10.29252/pgr.6.1.1]
26. Mohammadi, S.A. and Prasanna, B. (2003). Analysis of genetic diversity in crop plants-salient statistical tools and considerations. Crop Science, 43: 1235-1248. [DOI:10.2135/cropsci2003.1235]
27. Nadeem, M.A., Nawaz, M.A., Shahid, M.Q., Doğan, Y., Comertpay, G., Yıldız, M., Hatipoğlu, R., Ahmad, F., Alsaleh, A. and Labhane, N. (2018). DNA molecular markers in plant breeding: current status and recent advancements in genomic selection and genome editing. Biotechnology & Biotechnological Equipment, 32: 261-285. [DOI:10.1080/13102818.2017.1400401]
28. Nei, M. and Li, W.H. (1979). Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proceedings of the National Academy of Sciences, 76: 5269-5273. [DOI:10.1073/pnas.76.10.5269]
29. Peakall, R. and Smouse, P.E. (2006). GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes, 6: 288-295. [DOI:10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x]
30. Rad, J.E. and Shafiei, A.B. (2010). The distribution of ecological species groups in Fagetum communities of Caspian forests: determination of effective environmental factors. Flora-Morphology, Distribution, Functional Ecology of Plants, 205: 721-727. [DOI:10.1016/j.flora.2010.04.015]
31. Saghai-Maroof, M.A., Soliman, K.M., Jorgensen, R.A. and Allard, R.W. (1984). Ribosomal DNAsepacer-length polymorphism in barley: mendelian inheritance, chromosomal location, and population dynamics. proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 81: 8014-8019. [DOI:10.1073/pnas.81.24.8014]
32. Williams, J.G., Kubelik, A.R., Livak, K.J., Rafalski, J.A. and Tingey, S.V. (1990). DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Research, 18: 6531-6535. [DOI:10.1093/nar/18.22.6531]
33. Yang, R.C. and Yeh, F.C. (1992). Genetic consequences of in situ and ex situ conservation of forest trees. The Forestry Chronicle, 68: 720-729. [DOI:10.5558/tfc68720-6]
34. Yockteng, R., Jr Ballard, H., Mansion, G., Dajoz, I. and Nadot, S. (2003). Relationships among pansies (Viola section Melanium) investigated using ITS and ISSR markers. Plant Systematics and Evolution, 241: 153-170. [DOI:10.1007/s00606-003-0045-7]
ارسال پیام به نویسنده مسئول



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Roshan F, Rabiei M, Shiran B. Investigation of Genetic Diversity of Some Iranian Violet Species (Viola sp.) based on iPBS Molecular Marker. pgr 2024; 11 (1) :89-102
URL: http://pgr.lu.ac.ir/article-1-311-fa.html

روشن فرانه، ربیعی محمد، شیران بهروز. بررسی تنوع ژنتیکی برخی از گونه‌‌های بنفشه ایرانی (.Viola sp) با استفاده از نشانگر مولکولی iPBS. پژوهش های ژنتیک گیاهی. 1403; 11 (1) :89-102

URL: http://pgr.lu.ac.ir/article-1-311-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 11، شماره 1 - ( 1403 ) برگشت به فهرست نسخه ها
پژوهش های ژنتیک گیاهی Plant Genetic Researches
Persian site map - English site map - Created in 0.07 seconds with 39 queries by YEKTAWEB 4657