آگاهی از میزان تنوع ژنتیکی و درک روابط موجود بین ژنوتیپ ها گام مؤثری در راستای حفظ ژرم پلاسم و طراحی برنامه های اصلاحی در گیاهان است. در این مطالعه تنوع ژنتیکی 106 لاین مختلف آفتابگردان روغنی با 30 جفت آغازگر ریزماهواره مورد ارزیابی قرار گرفت. در مجموع 71 آلل در لاین های مورد مطالعه شناسایی شدند. تعداد آلل ها در مکان های ریزماهواره بین 2 تا 4 عدد متغیر و میانگین تعداد آلل در هر مکان ریزماهواره 207/2 بود. دامنه تعداد آلل موثر از 06/1 در مکان ژنی ORS718 تا 15/3 در مکان ژنیHA3040  متغیر بود. میانگین تعداد آلل موثر برابر 64/1 برآورد شد. میانگین محتوی اطلاعات چندشکلی (PIC) برابر 344/0 به دست آمد. با توجه به میزان PIC و تعداد آلل، می‌توان بیان نمود که آغازگرهای HA3040‎ و ORS733‎، مناسب ترین آغازگرها برای بررسی تنوع ژنتیکی و تمایز ژنوتیپ ها می‌باشند. بر اساس ضریب همبستگی کوفنتیک (46/0r=) مناسب ترین روش برای گروه‌بندی لاین‌های مورد مطالعه، گروه‌بندی بر اساس ضریب تشابه جاکارد با الگوریتم Complete بود. بر اساس این گروه بندی لاین های مورد بررسی در 4 گروه قرار گرفتند. 96 لاین از 106 ژنوتیپ استفاده شده بر اساس مراکز تحقیقاتی مبدا، گروه‌بندی شدند. کمترین فاصله ژنتیکی نی برابر 004/0 بین گروه SPII با ENSAT و INRA-MONTPOL مشاهده شد و بیشترین آن 210/0 بین دو گروه NOVARTIS و HUNGARY مشاهده شد. تجزیه ساختار جمعیت نشان داد به احتمال قوی جمعیت مورد مطالعه دارای 5 زیرساختار می باشد. بررسی انتساب لاین‌ها به زیرساختار‌ها الگوی خاصی از جمله توزیع جغرافیایی را نشان نداد. از تنوع ژنتیکی و فاصله ژنتیکی که با استفاده از نشانگرهای SSR به دست آمد، میتوان بطور مطلوب در برنامه های تلاقی و بهنژادی آفتابگردان روغنی استفاده کرد.