[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
بخش‌های اصلی
صفحه اصلی::
اطلاعات نشریه::
آرشیو مجله و مقالات::
برای نویسندگان::
برای داوران::
ثبت نام و اشتراک::
تماس با ما::
تسهیلات پایگاه::
بایگانی مقالات زیر چاپ::
فهرست داوران همکار::
::
جستجو در پایگاه

جستجوی پیشرفته
..
دریافت اطلاعات پایگاه
نشانی پست الکترونیک خود را برای دریافت اطلاعات و اخبار پایگاه، در کادر زیر وارد کنید.
..
ISSN
شاپای آنلاین: ISSN 2676-7309
شاپای چاپی: ISSN 2383-1367
..




 
..
:: دوره 7، شماره 2 - ( 1399 ) ::
جلد 7 شماره 2 صفحات 24-13 برگشت به فهرست نسخه ها
بررسی تنوع ژنتیکی و تجزیه ساختار ژنوتیپ‌های مختلف مرکبات با استفاده از آغازگرهای ISSR
ابوذر ابوذری* ، احمد رضا دادرس ، بهروز گلعین ، یحیی تاجور
بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی، مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی استان مازندران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، ساری ، a.abouzari@areeo.ac.ir
چکیده:   (7557 مشاهده)
در برنامه‌های اصلاحی به آگاهی از قرابت و تنوع ژنتیکی موجود در ذخایر ژرم‌پلاسمی نیاز است. گستردگی کشت و میزان بالای تولید مرکبات بیانگر اهمیت آن در اقتصاد جهانی است. در این تحقیق 110 ژنوتیپ مرکبات با استفاده از 12 آغازگر ISSR مورد ارزیابی قرار گرفتند. در مجموع 154 نوار چند‌شکل با میانگین 8/12 آلل امتیاز‌دهی شد. درصد چندشکلی از 57 درصد برای آغازگر ISSR1 تا 82 درصد برای آغازگر ISSR9 متغیر بود. متوسط محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC)، میزان متوسط شاخص نشانگر (MI)، شاخص تنوع ژنی (Nei)، شاخص شانون (I) و تعداد آلل مؤثر (Ne) به‌ترتیب 002/0 ± 48/0، 17/1 ± 14/6، 11/0 ±  42/0، 12/0 ± 61/0 و 27/0 ±  78/1 برآورد شد. بر اساس آماره‌های تنوع ژنتیکی، جمعیت مورد مطالعه تنوع ژنتیکی بالایی داشت و چهار آغازگر ISSR11، ISSR9، ISSR4 و ISSR5 از پتانسیل بیشتری جهت تمایز ژنوتیپ‌ها برخوردار بودند.‌ تجزیه‌ خوشه‌ای و تجزیه ساختار به‌ترتیب بر اساس روش اتصال همسایگی (NJ) و روش بیزی ژنوتیپ‌ها را به پنج گروه و چهار زیرجمعیت تقسیم کرد. بر مبنای هر دو تجزیه، قرار گرفتن ژنوتیپ‌های ناشناخته با ارقام شاهد در یک گروه، فرض زمینه ژنتیکی مشترک بین این ژنوتیپ‌ها را تقویت نمود. در گروه‌بندی ژنوتیپ‌ها، سه گونه حقیقی پوملو (C. maxima)، ماندارین (C. reticulate) و سیترون (C. medica) در گروه‌های مجزا قرار گرفتند. بر اساس نتایج، علاوه‌بر سه گونه حقیقی، حداقل یک گونه یا جنس دیگر از خویشاوندان مرکبات در ریخته ارثی جمعیت مورد مطالعه سهم داشت. در این تحقیق اگرچه هر دو تجزیه مورد استفاده در تکمیل اطلاعات هم کارآمد بودند، امّا با لحاظ نمودن میزان اختلاط ژنتیکی و اطلاعات منشأ ژنوتیپ‌ها، شاید بتوان بر اثربخشی بیشتر تجزیه ساختار مبتنی بر مدل در ارزیابی روابط ژنتیکی دست یافت.
واژه‌های کلیدی: آغازگر ISSR، تجزیه ساختار جمعیت، مرکبات، روابط فیلوژنی
متن کامل [PDF 671 kb]   (1125 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: ژنتیک مولکولی
پذیرش: 1399/12/19
فهرست منابع
1. Abouzari, A., Solouki, M., Golein, B., Fakheri, B.A., Sabouri, A. and Dadras, A.R. (2020). Unraveling the cryptic genetic variation and population structure of the citrus genotypes with unknown origin. Genetika, 52: 291-309.
2. Ahmed, S., Rattanpal, H., Kumari, P. and Singh, J. (2017) Study of genetic variability in Citrus fruit crop by molecular markers a review. Indian Journal of Pure & Applied Biosciences, 5: 111-128. [DOI:10.18782/2320-7051.2480]
3. Aziznia, R., Badakhshan, H., Javadi, T. and Zamani, S. (2020). Assessment of diversity in barley genotypes (Hordeum vulgare L.) based on beta-glucan content and issr markers. Plant Genetic Researches, 6(2): 97-110 (In Persian).
4. Awad, M.A., El-Alakmy, H.A., Abdalla, M.M. and ElDeep, M.D. (2019). Distinguishing of zygotic and nucellar seedlings in citrus rootstocks using issr technique. Sinai Journal of Applied Sciences, 8: 1-8.
5. Barkley, N.A., Roose, M.L., Krueger, R.R. and Federici, C.T. (2006). Assessing genetic diversity and population structure in a citrus germplasm collection utilizing simple sequence repeat markers (SSRs). Theoretical and Applied Genetics, 112: 1519-1531.
6. Bayer, R.J., Mabberley, D.J., Morton, C., Miller, C.H., Sharma, I.K., Pfeil, B.E., Rich, S., Hitchcock, R. and Sykes, S. (2009). A molecular phylogeny of the orange subfamily (Rutaceae: Aurantioideae) using nine cpDNA sequences. American Journal of Botany, 96: 668-685.
7. Bornet, B. and Branchard, M. (2001). Nonanchored inter simple sequence repeat (ISSR) markers: reproducible and specific tools for genome fingerprinting. Plant Molecular Biology Reporter, 19: 209-215.
8. Curk, F., Ancillo, G., Ollitrault, F., Perrier, X., Jacquemoud-Collet, J.P., Garcia-Lor, A., Navarro, L. and Ollitrault, P. (2015). Nuclear species-diagnostic SNP markers mined from 454 amplicon sequencing reveal admixture genomic structure of modern citrus varieties. PLOS ONE, 10: e0125628.
9. Edwards, K., Johnstone, C. and Thompson, C. (1991). A simple and rapid method for the preparation of plant genomic DNA for PCR analysis. Nucleic Acids Research, 19: 1349.
10. Evanno, G., Regnaut, S. and Goudet, J. (2005). Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study. Molecular Ecology, 14: 2611-2620.
11. Falush, D., Stephens, M. and Pritchard, J.K. (2003). Inference of population structure using multilocus genotype data: linked loci and correlated allele frequencies. Genetics, 164: 1567-1587.
12. Fang, D. and Roose, M. (1997). Identification of closely related citrus cultivars with inter-simple sequence repeat markers. Theoretical and Applied Genetics, 95: 408-417.
13. Golein, A., Ghasemi, M., Fattahi Moghadam, J. and Gholamian, E. (2014). Genetic analysis between unknown Citrus accessions and commercially important cultivars using ISSR marker. Agricultural Biotechnology Journal, 5(4): 111-124 (In Persian).
14. Khiavi, S.J., Hamidoghli, Y., Golein, B. and Sabouri, A. (2015) Evaluation of genetic diversity in acid lime (Citrus aurantifolia swingle) genotypes using AFLP markers. Australian Journal of Crop Science, 9: 996-1002.
15. Kijas, J., Thomas, M., Fowler, J. and Roose, M. (1997). Integration of trinucleotide microsatellites into a linkage map of Citrus. Theoretical and Applied Genetics, 94: 701-706.
16. Krueger, R.R. and Navarro, L. (2007). Citrus Gerplasm Resources. In: Khan, I.A., Ed., Citrus Genetics, Breeding and Biotechnology. pp. 45-140. CABI, London, UK.
17. Li, X., Xie, R., Lu, Z. and Zhou, Z. (2010). The origin of cultivated citrus as inferred from internal transcribed spacer and chloroplast DNA sequence and amplified fragment length polymorphism fingerprints. Journal of the American Society for Horticultural Science, 135: 341-350.
18. Luro, F., Laigret, F., Bové, J.M. and Ollitrault, P. (1995). DNA amplified fingerprinting, a useful tool for determination of genetic origin and diversity analysis in Citrus. HortScience, 30: 1063-1067.
19. Mabberley, D. (2004). Citrus (Rutaceae): a review of recent advances in etymology, systematics and medical applications. Blumea-Biodiversity, Evolution and Biogeography of Plants, 49: 481-498.
20. Moore, G.A. (2001). Oranges and lemons: clues to the taxonomy of Citrus from molecular markers. Trends in Genetics, 17: 536-540.
21. Mirmohammadi Maibody, S.A.M. and Golkar, P. (2019). Application of DNA molecular markers in plant breeding. Plant Genetic Researches, 6(1): 1-30 (In Persian).
22. Munankarmi, N.N., Rana, N., Bhattarai, T., Shrestha, R.L., Joshi, B.K., Baral, B. and Shrestha, S. (2018). Characterization of the genetic diversity of acid lime (Citrus aurantifolia (christm.) swingle) cultivars of eastern Nepal using inter-simple sequence repeat markers. Plants, 7(2): 46-60.
23. Nicolosi, E., Deng, Z., Gentile, A., La Malfa, S., Continella, G and Tribulato, E. (2000). Citrus phylogeny and genetic origin of important species as investigated by molecular markers. Theoretical and Applied Genetics, 100: 1155-1166.
24. Novelli, V.M., Machado, M.A. and Lopes, C.R. (2000). Isoenzymatic polymorphism in Citrus spp. and Poncirus trifoliata (L.) Raf.(Rutaceae). Genetics and Molecular Biology, 23: 163-168.
25. Ollitrault, F., Terol, J., Pina, J.A., Navarro, L., Talon, M. and Ollitrault, P. (2010). Development of SSR markers from Citrus clementina (Rutaceae) BAC end sequences and interspecific transferability in Citrus. American Journal of Botany, 97: e124-e129.
26. Omura, M. and Shimada, T. (2016). Citrus breeding, genetics and genomics in Japan. Breeding Science, 66: 3-17.
27. Pang, X.M., Hu, C.G. and Deng, X.X. (2007). Phylogenetic relationships within Citrus and its related genera as inferred from AFLP markers. Genetic Resources and Crop Evolution, 54: 429-436.
28. Pritchard, J.K., Stephens, M. and Donnelly, P. (2000). Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics, 155: 945-959.
29. Shahsavar, A.R., Ezadpanah, K.A., Tafazoli, A.A. and Seyed Tababaie, B.A. (2004). Evaluation of genetic variability of limes and lemons in the Fars province by morphological traits and inter-simple sequence repeat (ISSR). Journal of Horticultural Science and Technology, 5(4): 177-188 (In Persian).
30. Shahsavar, A., Izadpanah, K., Tafazoli, E. and Tabatabaei, B.S. (2007). Characterization of citrus germplasm including unknown variants by inter-simple sequence repeat (ISSR) markers. Scientia Horticulturae, 112: 310-314.
31. Velasco, R. and Licciardello, C. (2014). A genealogy of the citrus family. Nature Biotechnology, 32: 640-642.
32. Wu, G.A., Terol, J., Ibanez, V., López-García, A., Pérez-Román, E., Borredá, C., Domingo, C., Tadeo, F.R., Carbonell-Caballero, J. and Alonso, R. (2018). Genomics of the origin and evolution of Citrus. Nature, 554: 311-316.
33. Xu, Q., Chen, L.L., Ruan, X., Chen, D., Zhu, A., Chen, C., Bertrand, D., Jiao, W.B., Hao, B.H. and Lyon, M.P. (2013). The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis). Nature Genetics, 45: 59-66.
34. Zhang, Y., Yan, H., Jiang, X., Wang, X., Huang, L., Xu, B., Zhang, X. and Zhang, L. (2016). Genetic variation, population structure and linkage disequilibrium in Switchgrass with ISSR, SCoT and EST-SSR markers. Hereditas, 153: 4-16.
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Abouzari A, Dadras A R, Golein B, Tajvar Y. Investigation of Genetic Diversity and Structure Analysis of Different Citrus Genotypes Using ISSR Markers. pgr 2021; 7 (2) :13-24
URL: http://pgr.lu.ac.ir/article-1-206-fa.html

ابوذری ابوذر، دادرس احمد رضا، گلعین بهروز، تاجور یحیی. بررسی تنوع ژنتیکی و تجزیه ساختار ژنوتیپ‌های مختلف مرکبات با استفاده از آغازگرهای ISSR. پژوهش های ژنتیک گیاهی. 1399; 7 (2) :13-24

URL: http://pgr.lu.ac.ir/article-1-206-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 7، شماره 2 - ( 1399 ) برگشت به فهرست نسخه ها
پژوهش های ژنتیک گیاهی Plant Genetic Researches
Persian site map - English site map - Created in 0.06 seconds with 41 queries by YEKTAWEB 4642