[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
بخش‌های اصلی
صفحه اصلی::
اطلاعات نشریه::
آرشیو مجله و مقالات::
برای نویسندگان::
برای داوران::
ثبت نام و اشتراک::
تماس با ما::
تسهیلات پایگاه::
بایگانی مقالات زیر چاپ::
فهرست داوران همکار::
::
جستجو در پایگاه

جستجوی پیشرفته
..
دریافت اطلاعات پایگاه
نشانی پست الکترونیک خود را برای دریافت اطلاعات و اخبار پایگاه، در کادر زیر وارد کنید.
..
ISSN
شاپای آنلاین: ISSN 2676-7309
شاپای چاپی: ISSN 2383-1367
..




 
..
:: دوره 6، شماره 1 - ( 1398 ) ::
جلد 6 شماره 1 صفحات 68-55 برگشت به فهرست نسخه ها
مطالعه بیوانفورماتیکی و بررسی الگوی بیان چند ژن مهم دخیل در سنتز گلیسیریزین شیرین‌بیان (.Glycyrrhiza glabra L) بومی ایران طی دو فصل پاییز و بهار
عاطفه خاکپور ، مریم ذولفقاری* ، کریم سرخه
گروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، اهواز ، m.zolfaghari@scu.ac.ir
چکیده:   (13941 مشاهده)
شیرین‌بیان یکی از گیاهان دارویی با ارزش و در معرض انقراض است. شناسایی و معرفی توده‌هایی که ماده مؤثره گلیسیریزین بیشتری دارند از برنامه های اصلاحی مهم است. روش­‌های ژنومیکس کارکردی مانند تجزیه و تحلیل توالی­های EST، امکان شناسایی خانواده‌­های ژنی حفاظت شده بین گونه­‌های مورد مطالعه و بررسی بیان ژن و تفسیر ژنوم را فراهم آورده است. در این پژوهش به منظور شناسایی جنبه‌­های مولکولی و تحلیل کارکردی ژنوم و شبکه ژنی دخیل در سنتز گلیسیریزین، 55960 توالی EST مربوط به دو گونه مختلف این گیاه و همچنین توالی­‌های پروتئینی مورد تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی قرار گرفتند. همچنین جهت اعتبار سنجی نتایج، تغییرات بیان نسبی چهار ژن مهم در مسیر بیوسنتز گلیسیریزین شامل اسکوآلن سنتاز(SQS)، بتا- آمرین سنتاز (BAS)، بتا- آمرین 11- اکسیداز (CYP88D6) و UDP- گلوکورونسیل ترانسفراز (UGT) مورد بررسی قرار گرفت. پس از پیرایش و کیفیت­‌سنجی اولیه توالی­ها، 6427 توالی کانتیگ و 30895 سینگل­تون ( 37322یونی‌ژن) ایجاد گردید که در مجموع 26884666جفت­باز ( 7.06درصد) از ژنوم شیرین­‌بیان را پوشش دادند. فعالیت عملکردی ژنومی نشان داد که اکثر ژن­‌ها در فعالیت کاتالیزوری و فرآیند­های سلولی و متابولیکی نقش داشتند و معلوم شد که این ژن­‌ها در درون سلول و اندامک­‌های درون سلولی فعالیت می­کنند. مکان­یابی این دسته از ژن­‌ها نشان داد که ژن­‌های مهم مسیر سنتز گلیسیریزین در شبکه آندوپلاسمی متمرکز شده­‌اند. نتایج اعتبار سنجی با استفاده از qRT-PCR نشان داد که در فصل پاییز و در بافت ریزوم، ژن­های BAS ، CYP88D6، UGT و SQS دارای بیان نسبی بیشتری بودند. نتایج حاصل از این مطالعه ‌‌‌می‌­تواند برای توا‌لی‌­یابی ژنوم، حاشیه‌­نویسی (گروه­‌های کارکردی)، تنوع ژنتیکی و نیز مطالعات عملکرد مولکولی و ژنومیکسی این گیاه ارزشمند باشد.
واژه‌های کلیدی: ژنوم کارکردی، شبکه ژنی، شیرین بیان، گلیسیریزین، qRT-PCR
متن کامل [PDF 887 kb]   (1779 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: بیوانفورماتیک
پذیرش: 1397/9/17
فهرست منابع
1. Aliakbari, M., Shamloo-Dashtpagerdi, R. and Ebrahimie, A. (2013). Bioinformatic analysis of saffron (Crocus sativus L.) stigma est sequences to determining functional genome orientation and gene network. Journal of Saffron Agronomy and Technology, (1)1: 40-45 (In Persian).
2. Bayati Zadeh, J., Moradi Kor, Z. and Karimi Goftar, M. (2013). Licorice (Glycyrrhiza glabra Linn) as a valuable medicinal plant. International Journal of Advanced Biological and Biomedical Research, 1(10): 1281-1288 (In Persian).
3. D'antuono, L.F., Moretti, A. and Lovato, A.F. (2002). Seed yield, yield components, oil content and essential oil content and composition of Nigella sativa l. and Nigella damascene l. Industrial Crops and Products, 15(1): 59-69. [DOI:10.1016/S0926-6690(01)00096-6]
4. Fukai, T., Sheng, C.B., Horikoshi, T. and Nomura, T. (1996). Isoprenylated flavonoids from underground parts of Glycyrrhiza glabra. Phytochemistry, 43(5): 1119-1124. [DOI:10.1016/S0031-9422(96)00391-3]
5. Hossein Panahi, Z.H., Maroufi, A. and Bahramnejad, B. (2016). Isolation and expression pattern of β-amyrin synthase in chicory (Cichorium intybus L.). Genetics Novin Journal, 3(11): 399-409 (In Persian).
6. Hosseinzadeh, H. and Nassiri‐Asl, M. (2015). Pharmacological effects of Glycyrrhiza Spp. and its bioactive constituents: update and review. Phytotherapy Research, 29(12): 1868-1886 (In Persian). [DOI:10.1002/ptr.5487]
7. Kim, D.W., Kim, R.N., Choi, S.H., Kim, D.W., Nam, S.H., Choi, H.S. and Kang, A. (2011). EST analysis predicts putatively causative genes underlying the pharmaceutical application of Glycyrrhiza uralensis fisch. Plant Molecular Biology Reporter, 29(4): 814-824. [DOI:10.1007/s11105-011-0290-9]
8. Li, Y., Luo, H.M., Sun, C., Song, J.Y., Sun, Y.Z., Wu, Q. and Chen, S.L. (2010). EST analysis reveals putative genes involved in glycyrrhizin biosynthesis. Bmc Genomics, 11(1): 268. [DOI:10.1186/1471-2164-11-268]
9. Liu, Y., and Liu, C.S. (2012). Study on the spatial and temporal expression of β-AS gene of Glycyrrhiza uralensis. Chin Mater Med, 35(4): 528-531.
10. Miranda, M., Vega-Gálvez, A., Quispefuentes, I., Rodríguez, M.J., Maureira, H. and Martínez, E.A. (2012). Nutritional aspects of six quinoa (Chenopodium quinoa Willd.) Ecotypes from three geographical areas of Chile. Chilean Journal of Agricultural Research, 72(2):175-181. [DOI:10.4067/S0718-58392012000200002]
11. Mochida, K., Sakurai, T., Seki, H., Yoshida, T., Takahagi, K., Sawai, S., and Saito, K. (2017). Draft genome assembly and annotation of Glycyrrhiza uralensis, a medicinal legume. The Plant Journal, 89(2): 181-194. [DOI:10.1111/tpj.13385]
12. Nasrollahi, V., Mirzaie-Asl, A., Piri, K., Nazeri, S. and Mehrabi, R. (2014). The effect of drought stress on the expression of key genes involved in the biosynthesis of triterpenoid saponins in liquorice (Glycyrrhiza glabra). Phytochemistry, 103: 32-37. [DOI:10.1016/j.phytochem.2014.03.004]
13. Ogata, Y. and Suzuki, H. (2011). Plant expressed sequence tags databases: practical uses and the improvement of their searches using network module analysis. Plant Biotechnology, 28(4): 351-360. [DOI:10.5511/plantbiotechnology.11.0818a]
14. Pandey, D.K. and Ayangla, N.W. (2017). Biotechnological aspects of the production of natural sweetener glycyrrhizin from Glycyrrhiza sp. Phytochemistry Reviews, 17: 1-34. [DOI:10.1007/s11101-017-9540-2]
15. Rebhun, J.F., Glynn, K.M. and Missler, S.R. (2015). Identification of Glabridin as a bioactive compound in licorice (Glycyrrhiza glabra L.) extract that activates human peroxisome proliferator-activated receptor gamma (Pparγ). Fitoterapia, 106: 55-61. [DOI:10.1016/j.fitote.2015.08.004]
16. Schmittgen, T.D. and Livak, K.J. (2008). Analyzing Real-time PCR data by the comparative ct method. Nature Protocols, 3(6): 1101-1108. [DOI:10.1038/nprot.2008.73]
17. Seki, H., Ohyama, K., Sawai, S., Mizutani, M., Ohnishi, T., Sudo, H. and Muranaka, T. (2008). Licorice β-amyrin 11-oxidase, a cytochrome p450 with a key role in the biosynthesis of the triterpene sweetener glycyrrhizin. Proceedings of the National Academy of Sciences, 105(37): 14204-14209. [DOI:10.1073/pnas.0803876105]
18. Seki, H., Tamura, K. and Muranaka, T. (2015). P450s and UGTs: key players in the structural diversity of triterpenoid saponins. Plant and Cell Physiology, 56(8): 1463-1471. [DOI:10.1093/pcp/pcv062]
19. Shirazi, Z., Aalami, A., Tohidfar, M. and Sohani, M. (2017). Cloning, bioinformatics study and gene expression evaluation of squalene synthase 1 in Iranian native licorice. Genetic Engineering and Biosafety Journal, 1(6): 37-48 (In Persian).
20. Somjen, D., Knoll, E. and Vaya, J. (2004). Estrogen-like activity of licorice root constituents: glabridin and glabrene, in vascular tissues in vitro and in vivo. Journal of Steroid Biochemical Molecular Biology. 91: 147-155. [DOI:10.1016/j.jsbmb.2004.04.003]
21. Tang, Z.H., Li, T., Tong, Y.G., Chen, X.J., Chen, X.P., Wang, Y.T. and Lu, J.J. (2015). A systematic review of the anticancer properties of compounds isolated from licorice (gancao). Planta Medica, 81(18): 1670-1687. [DOI:10.1055/s-0035-1558227]
22. Wink, M. (2010). Introduction: biochemistry, physiology and ecological functions of secondary metabolites. Annual Plant Reviews, 40: 1-19. [DOI:10.1002/9781444320503.ch1]
23. Zarabi, M., Fardoe, R. and Maleki-Tabrizi, N. (2013). Principle of Bioinformatics. Ayiizh Publisher, Tehran, IR (In Persian).
24. Zhao, H., Tang, Q., Mo, C., Bai, L., Tu, D. and Ma, X. (2017). Cloning and characterization of squalene synthase and cycloartenol synthase from Siraitia grosvenorii. Acta Pharmaceutica Sinica B, 7(2): 215-222. [DOI:10.1016/j.apsb.2016.06.012]
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Khakpour A, Zolfaghari M, Sorkheh K. Bioinformatics Study and Investigation of the Expression Pattern of Several Important Genes Involved in Glycyrrhizin Synthesis of Glycyrrhiza glabra L. in Autumn and Spring Seasons. pgr 2019; 6 (1) :55-68
URL: http://pgr.lu.ac.ir/article-1-144-fa.html

خاکپور عاطفه، ذولفقاری مریم، سرخه کریم. مطالعه بیوانفورماتیکی و بررسی الگوی بیان چند ژن مهم دخیل در سنتز گلیسیریزین شیرین‌بیان (.Glycyrrhiza glabra L) بومی ایران طی دو فصل پاییز و بهار. پژوهش های ژنتیک گیاهی. 1398; 6 (1) :55-68

URL: http://pgr.lu.ac.ir/article-1-144-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 6، شماره 1 - ( 1398 ) برگشت به فهرست نسخه ها
پژوهش های ژنتیک گیاهی Plant Genetic Researches
Persian site map - English site map - Created in 0.07 seconds with 41 queries by YEKTAWEB 4642