Plant Genetic Researches
پژوهش های ژنتیک گیاهی
pgr
Agriculture
http://pgr.lu.ac.ir
1
admin
2383-1367
2676-7309
10.22034/pgr
14
1206
fa
jalali
1394
12
1
gregorian
2016
3
1
2
2
online
1
fulltext
fa
استفاده از نشانگر مولکولی ISSR در بررسی تنوع ژنتیکی برخی از ژنوتیپهای توتون
Application of ISSR Molecular Markers for Genetic Diversity Study of Some
Tobacco Genotypes
بهنژادی گیاهی
Plant improvement
پژوهشي
Research
<p><span dir="RTL">گام اول در برنامههای بهنژادی، تعیین تنوع ژنتیکی مواد اصلاحی است. بررسی تنوع ژنتیکی توتون برای برنامههای اصلاحی و حفاظت از ذخایر ژنتیکی، امری حیاتی بوده و اطلاع از سطح تنوع ژنتیکی در ژنوتیپهای توتون برای انتخاب والدین در برنامههای اصلاحی از اهمیت زیادی برخوردار است. استفاده از نشانگرهای مولکولی، سبب کاهش مدت زمان اصلاح و هزینههای پروژههای اصلاحی میشود. در این تحقیق، تنوع ژنتیکی 100 ژنوتیپ گیاه توتون با استفاده از 25 نشانگر </span>ISSR<span dir="RTL"> ارزیابی شد. </span><span dir="RTL">الگوی نواربندی بر اساس وجود و عدم وجود نوارها بهترتیب با یک و صفر نشان داده شدند. از تعداد 237 قطعهای که درکل ارقام تولید شدند، تعداد 195 قطعه چندشکل بودند و میانگین چندشکلی از 4 تا 12 به ازای هر آغازگر متفاوت بود. میانگین درصد چندشکلی تعیین شده در مجموع ژنوتیپهای مورد بررسی 10/94 بود. بهمنظور تعیین کارایی نشانگرها، محتوای اطلاعاتی چندشکلی (</span>PIC<span dir="RTL">) و همچنین درصد چندشکلی آنها محاسبه شد. آغازگرهای </span>UBC815<span dir="RTL">، </span>UBC812<span dir="RTL"> و </span>UBC878<span dir="RTL"> با دارا بودن بهترین پارامترهای نشانگری به عنوان بهترین آغازگرها جهت بررسی تنوع ژنتیکی در این تحقیق معرفی شدند</span><span dir="RTL">. </span><span dir="RTL">بهمنظور ارزیابی تشابه ژنتیکی بین ارقام، ضرایب تشابه مختلف</span>Dice <span dir="RTL">،</span>Jaccard <span dir="RTL"> و </span>SM<span dir="RTL"> محاسبه شده و آزمون تطابق مانتل انجام و دندروگرام براساس ضریب تشابه </span>SM<span dir="RTL"> و الگوریتم </span>UPGMA<span dir="RTL"> ترسیم شد. ضریب کوفنتیک بدست آمده برابر 9632/0 بود. همه ژنوتیپهای مورد بررسی تشکیل دو خوشهی مجزا دادند که بیانگر کارایی بالای آغازگرهای مورد استفاده در تکثیر قطعات مناسب از ژنوم بود. تجزیه به مختصات اصلی نشان داد که سه مولفه اول توانستند در مجموع 65/79 درصد از واریانس کل را توجیه کنند. </span><span dir="RTL">با توجه به اهداف این تحقیق، میتوان به این نتیجه رسید که بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپهای توتون با استفاده از نشانگر </span>ISSR<span dir="RTL"> مفید بوده و نشانگر </span>ISSR<span dir="RTL"> میتواند به عنوان یک سیستم نشانگر مناسب جهت تشخیص تنوع و روابط ژنتیکی در اصلاح این گیاه مورد استفاده قرار گیرد.</span></p>
Determination of genetic diversity of breeding material is the first step in breeding programs. Evaluation of tobacco genetic diversity is essential for breeding programs and preservation of genetic resources. Genetic diversity level in tobacco genotypes, is very important for selection of parents in breeding programs. In this study, genetic diversity of 100 tobacco genotypes was evaluated using 25 ISSR markers. Banding pattern based on the presence or absence of the bands showed with 0 and 1, respectively. Out of 237 fragments produced in total cultivars, 195 bands were polymorphic and average of polymorphism ranged from 4 to 12 per primer. Average of polymorphism percentage was 94.10. To determine the efficiency of ISSR markers, PIC and their polymorphic percentage was calculated. UBC 818, UBC 812 and UBC 815 had the best marker parameters and were introduced as the best primers for assessment of genetic diversity. In order to evaluate the genetic similarity between cultivars, different similarity coefficient (SM, Dice and Jaccard) was calculated and Mantel corresponding test was performed. Finally, dendrogram was drawn based on SM similarity coefficient and UPGMA algorithm and the Cofenetic coefficient was calculated. All genotypes formed two distinct clusters indicating the high efficiency of used primers in amplification the approximate parts of the genome. The principle coordinate analysis showed that the first three components could explain 79.65 % of total variance. Totally, evaluation the tobacco genetic diversity using ISSR markers is suitable and ISSR marker can be used as appropriate marker system to identify the diversity and genetic relationship for breeding programs of this plant.
تجزیه خوشه ای, تنوع ژنتیکی, توتون, چندشکلی, نشانگر ISSR
Cluster analysis, Genetic diversity, Tobacco, Polymorphism, ISSR marker.
33
46
http://pgr.lu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-25-24&slc_lang=fa&sid=1
Marziyeh
Shazdehahmadi
مرضیه
شازدهاحمدی
1003194753284600624
1003194753284600624
Yes
Instructor, Department of Biotechnology, Tirtash Tobacco Research and Education Center, Behshahr, Iran
مرکز تحقیقات و آموزش توتون تیرتاش
Mahin
Kharrazi
مهین
خرازی
1003194753284600625
1003194753284600625
No
M.Sc. Student, Department of Plant Breeding and Biotechnology, Sari Agricultural Science and Natural Resources University, Sari, Iran
دانشگاه علوم پزشکی و منابع طبیعی ساری