ارزیابی ساختار جمعیت، جهت درک الگوهای تنوع، انتخاب والدین مناسب برای تلاقی، شناسایی دقیق مکان‌های ژنومی کنترل‌کننده صفات، مطالعات تکاملی و روابط خویشاوندی ضروری است. در جریان تحقیق حاضر، ساختار ژنتیکی در جمعیتی متشکل از ۳۸۳ ژنوتیپ گندم ایرانی از گونه‌های هگزاپلوئید (ارقام زراعی و توده‌های بومی) و تتراپلوئید بر اساس روش‌های مبتنی‌بر فاصله (تجزیه به مؤلفه‌های اصلی و تجزیه تابع تشخیص مؤلفه‌های اصلی) مورد مطالعه قرار گرفت. بدین منظور از ۱۶۲۷۰ نشانگر چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) به‌دست آمده توسط روش GBS، استفاده شد. بر اساس نتایج، تقریباً یک‌چهارم از واریانس کل به تنوع بین جمعیت‌ها تعلق داشت و ضریب Fst بین ارقام زراعی و توده‌های بومی برابر با ۰,۱۵ به‌دست آمد. در حالی‌که ضریب فوق بین نمونه‌های تتراپلوئید و توده‌های بومی هگزاپلوئید بالا و برابر با ۰,۴۴ بود. ژنوم D کمترین مقدار شاخص Fst را به خود اختصاص داد و کروموزوم ۴B بیشترین میزان ضریب Fst و سایر شاخص تنوع ژنی را نشان داد. گرچه بای‌پلات PCA، ارقام زراعی و توده‌های بومی گندم‌های هگزاپلوئید را به‌خوبی از هم تفکیک نمود، اما نتوانست تمایز روشنی بین نمونه‌های تتراپلوئید با سایر ژنوتیپ‌ها ایجاد نماید. ارزیابی دقیق ساختار جمعیت با روش DAPC توانست به‌طور موفقیت‌آمیزی گروه‌های از پیش تعیین شده را شناسایی و تفکیک کند. این نتیجه بدان دلیل است که رویکرد DAPC تمایز بین گروه‌ها را به حداکثر و تغییرات درون گروه را به حداقل می‌رساند. اختلاط جزئی بین ارقام زراعی و توده‌های بومی هگزاپلوئید را می‌توان به تبادل ژنی بین این دو گروه و یا شاید برچسب‌گذاری اشتباه آنان در زمان جمع‌آوری ارتباط داد. به‌طور کلی، نتایج حاصل از این مطالعه اطلاعات مفیدی درباره تمایز ژنتیکی نمونه‌های گندم تتراپلوئید و هگزاپلوئید ایرانی ارائه داد که می‌تواند در برنامه‌ریزی‌های آتی بهنژادی گندم مورد استفاده قرار گیرد. همچنین حفاظت از این نمونه‌ها در بانک‌های ژن برای استراتژی‌های مختلف ضروری می‌باشد.
