|
|
|
|
|
 |
جستجو در مقالات منتشر شده |
 |
|
2 نتیجه برای نشانگرهای Snp
راضیه قربانی، راحله قاسم زاده، هادی علی پور،
دوره 9، شماره 1 - ( 6-1401 )
چکیده
به‌منظور شناسایی مکان های ژنی کنترل‌کننده صفات مورفو-فیزیولوژیک گیاهچه در 88 رقم گندم نان، آزمایشی در شرایط نرمال و تنش شوری 120 میلی مولار (معادل 12 دسی زیمنس بر متر)، در قالب طرح آلفا لاتیس ساده در گلخانه دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه در سال زراعی 1400-1399 انجام شد. صفات میزان کلروفیل a، b و کل، کا روتنوئید، پرولین، وزن تر و خشک گیاهچه، طول گیاهچه، محتوای نسبی آب برگ (RWC) و غلظت یون‌ها (سدیم، پتاسیم و نسبت پتاسیم به سدیم) اندازه‌گیری شدند. پس از ژنوتیپ‌سنجی به‌وسیله توالی‌یابی با فنّاوری Ion Torrent و حذف SNPهایی با بیش از 20 درصد داده گمشده و فراوانی آلل جزئی کمتر از 5 درصد، تعداد 5869 SNP شناسایی شد. بر اساس نقشه یابی ارتباطی با روش مدل خطی مخلوط (MLM) برای شرایط نرمال در مجموع 25 ارتباط نشانگر-صفت (MTA) شناسایی شد. ژنوم A بیشترین و ژنوم D کمترین تعداد MTA را به خود اختصاص دادند. در بین صفات مورد بررسی در شرایط نرمال، کلروفیل a بیشترین تعداد MTA را روی کروموزوم های 1A، 3B، 3D، 5B و 7A نشان داد و برای شرایط تنش شوری 21 MTA شناسایی شد که ژنوم B بیشترین تعداد MTA و ژنوم D کمترین تعداد MTA را به خود اختصاص دادند. برای وزن تر گیاهچه پنج MTA شناسایی شد که روی کروموزوم های 4A و 6B قرار داشتند. نتایج پژوهش حاضر، اطلاعات ارزشمندی در ارتباط با مکان های ژنی مرتبط با صفات مورد مطالعه ارائه میدهد که می توان پس از تأیید در جمعیت های دو والدی و آزمایش‌های تکمیلی، در برنامه های بهنژادی گندم در گزینش به کمک نشانگر از این یافته‌ها استفاده نمود.
حسین عبدی، هادی علی پور، ایرج برنوسی، جعفر جعفرزاده،
دوره 10، شماره 1 - ( 6-1402 )
چکیده
ارزیابی ساختار جمعیت، جهت درک الگوهای تنوع، انتخاب والدین مناسب برای تلاقی، شناسایی دقیق مکان‌های ژنومی کنترل‌کننده صفات، مطالعات تکاملی و روابط خویشاوندی ضروری است. در جریان تحقیق حاضر، ساختار ژنتیکی در جمعیتی متشکل از 383 ژنوتیپ گندم ایرانی از گونه‌های هگزاپلوئید (ارقام زراعی و توده‌های بومی) و تتراپلوئید بر اساس روش‌های مبتنی‌بر فاصله (تجزیه به مؤلفه‌های اصلی و تجزیه تابع تشخیص مؤلفه‌های اصلی) مورد مطالعه قرار گرفت. بدین منظور از 16270 نشانگر چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) به‌دست آمده توسط روش GBS، استفاده شد. بر اساس نتایج، تقریباً یک‌چهارم از واریانس کل به تنوع بین جمعیت‌ها تعلق داشت و ضریب Fst بین ارقام زراعی و توده‌های بومی برابر با 0.15 به‌دست آمد. در حالی‌که ضریب فوق بین نمونه‌های تتراپلوئید و توده‌های بومی هگزاپلوئید بالا و برابر با 0.44 بود. ژنوم D کمترین مقدار شاخص Fst را به خود اختصاص داد و کروموزوم 4B بیشترین میزان ضریب Fst و سایر شاخص تنوع ژنی را نشان داد. گرچه بای‌پلات PCA، ارقام زراعی و توده‌های بومی گندم‌های هگزاپلوئید را به‌خوبی از هم تفکیک نمود، اما نتوانست تمایز روشنی بین نمونه‌های تتراپلوئید با سایر ژنوتیپ‌ها ایجاد نماید. ارزیابی دقیق ساختار جمعیت با روش DAPC توانست به‌طور موفقیت‌آمیزی گروه‌های از پیش تعیین شده را شناسایی و تفکیک کند. این نتیجه بدان دلیل است که رویکرد DAPC تمایز بین گروه‌ها را به حداکثر و تغییرات درون گروه را به حداقل می‌رساند. اختلاط جزئی بین ارقام زراعی و توده‌های بومی هگزاپلوئید را می‌توان به تبادل ژنی بین این دو گروه و یا شاید برچسب‌گذاری اشتباه آنان در زمان جمع‌آوری ارتباط داد. به‌طور کلی، نتایج حاصل از این مطالعه اطلاعات مفیدی درباره تمایز ژنتیکی نمونه‌های گندم تتراپلوئید و هگزاپلوئید ایرانی ارائه داد که می‌تواند در برنامه‌ریزی‌های آتی بهنژادی گندم مورد استفاده قرار گیرد. همچنین حفاظت از این نمونه‌ها در بانک‌های ژن برای استراتژی‌های مختلف ضروری می‌باشد.
|
|
|
|
|
|
|
|
|
