آفتابگردان ‌(.Helianthus annuus L) ‌یک ‌محصول ‌مهم ‌زراعی ‌می‌‌باشد ‌که ‌روغن ‌آن ‌ارزش ‌غذایی ‌و ‌اقتصادی ‌بالایی ‌دارد. ‌پوسیدگی ‌پایه‌‌ی ‌ساقه ‌که ‌توسط ‌قارچ‌‌های ‌Sclerotinia sclerotiorum ‌و ‌S. minor ‌ایجاد ‌می‌‌شود، ‌یکی ‌از ‌بیماری‌‌های ‌مهم ‌و ‌مخرّب ‌آفتابگردان ‌است. ‌استفاده ‌از ‌ارقام ‌مقاوم ‌به ‌عنوان ‌مهمترین ‌و ‌موثرترین ‌روش ‌برای ‌کنترل ‌بیماری ‌در ‌نظر ‌گرفته ‌می‌‌شود. ‌در ‌پژوهش ‌حاضر، ‌ارتباط ‌و ‌پیوستگی ‌بین ‌30 ‌جفت ‌نشانگر ‌ریزماهواره ‌با ‌مقاومت ‌به ‌سه ‌جدایه ‌S. sclerotiorum ‌و ‌سه ‌جدایه ‌S. minor ‌در ‌100 ‌لاین ‌آفتابگردان ‌با ‌استفاده ‌از ‌نرم‌‌افزارهای ‌Structure ‌و ‌Tassel ‌مورد ‌ارزیابی ‌قرار ‌گرفت. ‌بر ‌اساس ‌30 ‌جفت ‌نشانگر ‌ریزماهواره ‌مورد ‌استفاده ‌در ‌این ‌مطالعه، ‌ساختار ‌ژنتیکی ‌جمعیت ‌به ‌دو ‌زیر ‌جمعیت ‌(2=K) ‌تقسیم ‌گردید ‌که ‌نتایج ‌حاصل ‌از ‌رسم ‌بارپلات ‌نیز ‌مؤید ‌آن ‌بود. ‌در ‌تجزیه ‌ارتباط ‌با ‌استفاده ‌از ‌نرم‌‌افزار TASSEL ‌از ‌طریق ‌دو ‌روش GLM ‌و ‌MLM ‌، ‌به ‌ترتیب ‌14 ‌و ‌12 ‌نشانگر ‌SSR ‌شناسایی ‌شد ‌که ‌ارتباط ‌معنی‌‌داری ‌با ‌نواحی ‌ژنومی ‌کنترل ‌کننده ‌مقاومت ‌به ‌بیماری ‌داشتند ‌و ‌تغییرات ‌قابل ‌توجهی ‌از ‌صفت ‌را ‌توجیه ‌نمودند. ‌شناسایی ‌نشانگرهای ‌مشترک ‌مانند ‌نشانگر ‌ORS617 ‌برای ‌جدایه‌‌های ‌M1 ‌از ‌گونه ‌S.minor ‌و ‌J1 ‌از ‌گونه ‌S.sclerotiorum ‌می‌‌تواند ‌ناشی ‌از ‌اثرات ‌پلیوتروپی ‌یا ‌پیوستگی ‌نواحی ‌ژنومی ‌دخیل ‌در ‌کنترل ‌مقاومت ‌به ‌این ‌جدایه‌‌ها ‌باشد. ‌به ‌دلیل ‌اینکه ‌این ‌نشانگرها ‌گزینش ‌همزمان ‌مقاومت ‌به ‌چندین ‌جدایه ‌قارچی ‌را ‌امکان‌‌پذیر ‌می‌‌سازد، ‌در ‌برنامه‌‌های ‌به‌‌نژادی ‌آفتابگردان ‌جهت ‌انتخاب ‌به ‌کمک ‌نشانگر ‌(MAS) ‌و ‌تولید ‌ارقام ‌مقاوم ‌به ‌بیماری ‌اهمیت ‌اساسی ‌دارد.