در برنامه‌های اصلاحی به آگاهی از قرابت و تنوع ژنتیکی موجود در ذخایر ژرم‌پلاسمی نیاز است. گستردگی کشت و میزان بالای تولید مرکبات بیانگر اهمیت آن در اقتصاد جهانی است. در این تحقیق ۱۱۰ ژنوتیپ مرکبات با استفاده از ۱۲ آغازگر ISSR مورد ارزیابی قرار گرفتند. در مجموع ۱۵۴ نوار چند‌شکل با میانگین ۸/۱۲ آلل امتیاز‌دهی شد. درصد چندشکلی از ۵۷ درصد برای آغازگر ISSR۱ تا ۸۲ درصد برای آغازگر ISSR۹ متغیر بود. متوسط محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC)، میزان متوسط شاخص نشانگر (MI)، شاخص تنوع ژنی (Nei)، شاخص شانون (I) و تعداد آلل مؤثر (Ne) به‌ترتیب ۰۰۲/۰ ± ۴۸/۰، ۱۷/۱ ± ۱۴/۶، ۱۱/۰ ± ۴۲/۰، ۱۲/۰ ± ۶۱/۰ و ۲۷/۰ ± ۷۸/۱ برآورد شد. بر اساس آماره‌های تنوع ژنتیکی، جمعیت مورد مطالعه تنوع ژنتیکی بالایی داشت و چهار آغازگر ISSR۱۱، ISSR۹، ISSR۴ و ISSR۵ از پتانسیل بیشتری جهت تمایز ژنوتیپ‌ها برخوردار بودند. تجزیه خوشه‌ای و تجزیه ساختار به‌ترتیب بر اساس روش اتصال همسایگی (NJ) و روش بیزی ژنوتیپ‌ها را به پنج گروه و چهار زیرجمعیت تقسیم کرد. بر مبنای هر دو تجزیه، قرار گرفتن ژنوتیپ‌های ناشناخته با ارقام شاهد در یک گروه، فرض زمینه ژنتیکی مشترک بین این ژنوتیپ‌ها را تقویت نمود. در گروه‌بندی ژنوتیپ‌ها، سه گونه حقیقی پوملو (C. maxima)، ماندارین (C. reticulate) و سیترون (C. medica) در گروه‌های مجزا قرار گرفتند. بر اساس نتایج، علاوه‌بر سه گونه حقیقی، حداقل یک گونه یا جنس دیگر از خویشاوندان مرکبات در ریخته ارثی جمعیت مورد مطالعه سهم داشت. در این تحقیق اگرچه هر دو تجزیه مورد استفاده در تکمیل اطلاعات هم کارآمد بودند، امّا با لحاظ نمودن میزان اختلاط ژنتیکی و اطلاعات منشأ ژنوتیپ‌ها، شاید بتوان بر اثربخشی بیشتر تجزیه ساختار مبتنی بر مدل در ارزیابی روابط ژنتیکی دست یافت.
