گیاه دارویی زنیان یک منبع غنی از ترکیبات فعال دارویی و دارای اثرات مختلف دارویی است. با توجه به اینکه نشانگرهای ریزماهواره دارای نقش کلیدی در ژنوم و مرتبط با ژن‌ها بویژه در بیوسنتز متابولیت‌های ثانویه در گیاهان دارویی هستند، لذا در این مطالعه، از توالی‌یابی ترنسکریپتوم زنیان برای اولین بار جهت شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد. پس از انجام توالی‌یابی توسط پلت‌فرمIllumina HiSeq ۲۰۰۰ بصورت دو طرفه، ارزیابی کیفیت خوانش‌ها توسط نرم‌افزار FastQC، تریم‌کردن با نرم‌افزار Trimmomatic و یکپارچه‌سازی نوپدید با استفاده از نرم‌افزار Trinity انجام گردید. در این پژوهش، ۱۱۴۶۸ توالی یونی‌ترنسکریپت (۷۹۱۳توالی یونی‌ژن) حاوی ۱۳۵۹۳ ریزماهواره بالقوه یافت شد. فراوان‌ترین نوع ریزماهواره‌ها، دی‌نوکلئوتیدها (۶۷درصد) و تری‌نوکلئوتیدها (۲۴درصد) بودند. همچنین تکرارهای شش‌تایی فراوان‌ترین تکرارها بودند و توالی غالب، AG/CT (۳۱درصد) بود. ۶۵درصد ریزماهواره‌ها از ریزماهواره کلاس دوم (۱۰ تا ۲۰ نوکلئوتید) و ۳۵ درصد از ریزماهواره کلاس اول (بیش از ۲۰ نوکلئوتید) بودند. فراوانی ریزماهواره‌ها تقریبا یک در هر ۱۰,۱ کیلو باز توالی یکپارچه شده بود. ۵۷,۹درصد یونی‌ژن‌های حاوی ریزماهواره، با ژنوم هویج بلاست شدند. تعداد ۳۴۳۷ یونی‌ژن (۴۳درصد) دارای دسته‌بندی کارکردی بودند که از میان آنها تعداد ۲۲۱۹ یونی‌ژن (۶۴,۶ درصد) به دسته "فرآیند متابولیکی" و ۷۱ یونی‌ژن (۲,۱درصد) به دسته "فرآیند متابولیکی ثانویه" تخصیص داشت. در این تحقیق ۱۲ ژن در مسیر پایه بیوسنتز ترپنوئیدها شناسایی شدند که ترنسکریپت مربوط به آنها دارای ریزماهواره بود. این ریزماهواره‌ها احتمالاً در بیان ژن‌ها و تولید متابولیت‌ها بویژه متابولیت‌های ثانویه نقش دارند. معرفی این نشانگرها می‌تواند برای مطالعات آینده انتخاب به کمک نشانگر، تنوع ژنتیکی و ساخت نقشههای ژنتیکی در این گیاه دارویی مورد بهرهبرداری قرار گیرد.
