|
|
|
|
|
 |
جستجو در مقالات منتشر شده |
 |
|
2 نتیجه برای ترنسکریپتوم
مهدی سلطانی حویزه، سیداحمد سادات نوری، وحید شریعتی، محبوبه امیری‌پور،
دوره 6، شماره 1 - ( 6-1398 )
چکیده
گیاه دارویی زنیان یک منبع غنی از ترکیبات فعال دارویی و دارای اثرات مختلف دارویی است. با توجه به اینکه نشانگرهای ریزماهواره دارای نقش کلیدی در ژنوم و مرتبط با ژن‌ها بویژه در بیوسنتز متابولیت‌های ثانویه در گیاهان دارویی هستند، لذا در این مطالعه، از توالی‌یابی ترنسکریپتوم زنیان برای اولین بار جهت شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد. پس از انجام توالی‌یابی توسط پلت‌فرمIllumina HiSeq 2000 بصورت دو طرفه، ارزیابی کیفیت خوانش‌ها توسط نرم‌افزار FastQC، تریم‌کردن با نرم‌افزار Trimmomatic و یکپارچه‌سازی نوپدید با استفاده از نرم‌افزار Trinity انجام گردید. در این پژوهش، 11468 توالی یونی‌ترنسکریپت (7913توالی یونی‌ژن) حاوی 13593 ریزماهواره بالقوه یافت شد. فراوان‌ترین نوع ریزماهواره‌ها، دی‌نوکلئوتیدها (67درصد) و تری‌نوکلئوتیدها (24درصد) بودند. همچنین تکرارهای شش‌تایی فراوان‌ترین تکرارها بودند و توالی غالب، AG/CT (31درصد) بود. 65درصد ریزماهواره‌ها از ریزماهواره کلاس دوم (10 تا 20 نوکلئوتید) و 35 درصد از ریزماهواره کلاس اول (بیش از 20 نوکلئوتید) بودند. فراوانی ریزماهواره‌ها تقریبا یک در هر 10.1 کیلو باز توالی یکپارچه شده بود. 57.9درصد یونی‌ژن‌های حاوی ریزماهواره، با ژنوم هویج بلاست شدند. تعداد 3437 یونی‌ژن (43درصد) دارای دسته‌بندی کارکردی بودند که از میان آنها تعداد 2219 یونی‌ژن (64.6 درصد) به دسته "فرآیند متابولیکی" و 71 یونی‌ژن (2.1درصد) به دسته "فرآیند متابولیکی ثانویه" تخصیص داشت. در این تحقیق 12 ژن در مسیر پایه بیوسنتز ترپنوئیدها شناسایی شدند که ترنسکریپت مربوط به آنها دارای ریزماهواره بود. این ریزماهواره‌ها احتمالاً در بیان ژن‌ها و تولید متابولیت‌ها بویژه متابولیت‌های ثانویه نقش دارند. معرفی این نشانگرها می‌تواند برای مطالعات آینده انتخاب به کمک نشانگر، تنوع ژنتیکی و ساخت نقشههای ژنتیکی در این گیاه دارویی مورد بهرهبرداری قرار گیرد.
سید سجاد سهرابی، سید محسن سهرابی، سید کریم موسوی، محسن محمدی،
دوره 7، شماره 1 - ( 6-1399 )
چکیده
زعفران (.LCrocus sativus ) ارزشمندترین و گران‌ترین ادویه در سطح جهان است. کلاله‌های این گیاه منبع آپوکاروتنوئیدهای با ارزشی مانند کروسین، پیکروکروسین و سافرانال هستند. مطالعات ترنسکریپتومی و بیانی ژن‌ها یکی از مهم‌ترین مراحل در بررسی تولید متابولیت‌های ثانویه در گیاهان هستند. یکی از پیش‌نیازهای مهم در این گونه مطالعات، شناسایی ژن‌های مرجع قابل‌اعتماد و پایدار به‌منظور نرمال‌سازی بیان سایر ژن‌ها است. در پژوهش حاضر، با استفاده از ترنسکریپتوم گیاه زعفران هشت ژن مرجع شناسایی و تعیین توالی شد، سپس میزان پایداری بیان آنها با استفاده از روش‌‌های غیرپارامتریک مورد بررسی قرار گرفت. نتایج تکثیر و توالی‌یابی، جداسازی صحیح هشت ژن مرجع Actin، EF1، GAPDH، H3، MDH، TBP، UBC و UBQ را از گیاه زعفران نشان داد. بررسی میزان پایداری بیان ژن‌های مرجع نشان داد که ژن‌های MDH و UBQ به‌ترتیب بیشترین میزان پایداری را بین بافت‌های مختلف گیاه زعفران داشته و کمترین میزان پایداری مربوط به ژن TBP بود. در این پژوهش توالی هشت ژن مرجع در زعفران جداسازی و پایداری بیان آنها برای اولین‌بار در بافت‌های مختلف این گیاه سنجیده شد. ژن‌های مرجع شناسایی شده در این پژوهش می‌توانند به‌عنوان ژن‌های پایدار برای نرمال‌سازی بیان ژن‌ها در مطالعات ترنسکریپتومی گیاه زعفران به‌کار برده شوند.
|
|
|
|
|
|
|
|
|
