گام اول در برنامه‌های به‌نژادی، تعیین تنوع ژنتیکی مواد اصلاحی است. بررسی تنوع ژنتیکی توتون برای برنامه‌های اصلاحی و حفاظت از ذخایر ژنتیکی، امری حیاتی بوده و اطلاع از سطح تنوع ژنتیکی در ژنوتیپ‌های توتون برای انتخاب والدین در برنامه‌های اصلاحی از اهمیت زیادی برخوردار است. استفاده از نشانگرهای مولکولی، سبب کاهش مدت زمان اصلاح و هزینه‌های پروژه‌های اصلاحی می‌شود. در این تحقیق، تنوع ژنتیکی 100 ژنوتیپ گیاه توتون با استفاده از 25 نشانگر ISSR ارزیابی شد. الگوی نواربندی بر اساس وجود و عدم وجود نوارها به‌ترتیب با یک و صفر نشان داده شدند. از تعداد 237 قطعه‌‌ای که درکل ارقام تولید شدند، تعداد 195 قطعه چندشکل بودند و میانگین چند‌شکلی از 4 تا 12 به ازای هر آغازگر متفاوت بود. میانگین درصد چندشکلی تعیین شده در مجموع ژنوتیپ‌های مورد بررسی 10/94 بود. به‌منظور تعیین کارایی نشانگرها، محتوای اطلاعاتی چندشکلی (PIC) و همچنین درصد چندشکلی آن‌ها محاسبه شد. آغازگرهای UBC815، UBC812 و UBC878 با دارا بودن بهترین پارامترهای نشانگری به عنوان بهترین آغازگرها جهت بررسی تنوع ژنتیکی در این تحقیق معرفی شدند. به‌منظور ارزیابی تشابه ژنتیکی بین ارقام، ضرایب تشابه مختلفDice ،Jaccard  و SM محاسبه شده و آزمون تطابق مانتل انجام و دندروگرام براساس ضریب تشابه SM و الگوریتم UPGMA ترسیم شد. ضریب کوفنتیک بدست آمده برابر 9632/0 بود. همه ژنوتیپ‌های مورد بررسی تشکیل دو خوشه‌ی مجزا دادند که بیانگر کارایی بالای آغازگرهای مورد استفاده در تکثیر قطعات مناسب از ژنوم بود. تجزیه به مختصات اصلی نشان داد که سه مولفه اول توانستند در مجموع 65/79 درصد از واریانس کل را توجیه کنند. با توجه به اهداف این تحقیق، می‌توان به این نتیجه رسید که بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های توتون با استفاده از نشانگر ISSR مفید بوده و نشانگر ISSR می‌تواند به عنوان یک سیستم نشانگر مناسب جهت تشخیص تنوع و روابط ژنتیکی در اصلاح این گیاه مورد استفاده قرار گیرد.

گیاه بومادران یا بومادران نوع کوتاه دشتی با نام علمیC.Koch  Achillea wilhelmsii از تیره Asteraceae می­باشد. این تحقیق با هدف بررسی سه جمعیت مختلف بومادران و تعیین میزان قرابت ژنتیکی آنها انجام گرفت. اجرای این بررسی با استفاده از صفات مورفولوژیکی در قالب یک طرح آشیانه­ای و بصورت کاملاً تصادفی با 10 تکرار انجام شد. وراثت­پذیری برای تمامی صفات بین بازه­ی 98 تا 100 بود که نشان­دهنده­ی وجود وراثت­پذیری بالا برای این صفات می­باشد. بیشترین ضریب تنوع ژنتیکی، متعلق  به صفت قطر ریشه (66/1) بود که نشان­دهنده­ی وجود تنوع بالا در بین ژنوتیپ­های مورد مطالعه برای این صفت می­باشد. کمترین ضریب تنوع ژنتیکی متعلق به صفت نسبت طول به عرض برگ (36/0) بود که حکایت از وجود تنوع کمی برای این صفت دارد. بر اساس نتایج تجزیه به مؤلفه­های اصلی دو مؤلفه­ی اول حدود 90% از کل تغییرات را توجیه می­کنند. نتایج تجزیه بای پلات نشان داد که هر سه توده تقریباً از یکدیگر تفکیک شدند. تجزیه خوشه­ای نیز نتایج تجزیه بای­پلات را به طور کامل تأیید کرد و توده­ها به صورت سه خوشه جداگانه شناخته شدند که این نتایج حاکی از تفاوت ظاهری میان توده­های مختلف بومادران است. نتایج این آزمایش نشان دهنده‌ی تنوع ژنتیکی گسترده­ بین جمعیت­های مورد بررسی از نظر صفات اندازه گیری شده در سطح استان هرمزگان است. نتایج فوق حاکی از پتانسیل­های نهفته توده­های بومی بومادران در جنوب ایران و ارزشمند بودن این ذخایر و لزوم توجه بیشتر در شناسایی، حفظ، ارزیابی و استفاده از آنها در برنامه های به نژادی است.