38 نتیجه برای نشانگر
مهرناز کاتوزی، سعید نواب پور، حسین صبوری، علی اکبر عبادی،
دوره 7، شماره 2 - ( 12-1399 )
چکیده
به‌منظور شناسایی QTLهای کنترل‌کننده صفات زراعی، ارقام وحشی و موتانت برنج رقم طارم تلاقی داده شدند. برای تهیه نقشه پیوستگی، نشانگرهای SSR، ISSR، iPBS و IRAP چند شکل در 250 فرد از نسل دوم تلاقی تکثیر شدند. وزن 100 دانه، تعداد پنجه، تعداد دانه پر، تعداد دانههای پوک، ارتفاع بوته، طول خوشه، تعداد خوشچه، قطر ساقه، طول، عرض و شکل دانه، وزن کاه، طول دوره رسیدگی، طول و عرض برگ پرچم روی کلیه افراد جمعیت اندازه‌گیری شد. نقشه پیوستگی 9/970 سانتیمورگان از ژنوم برنج را پوشش داد. فاصله بین دو نشانگر مجاور برابر با 77/12 سانتیمورگان به‌دست آمد. در مجموع 13 QTL برای صفات ارزیابی شده شناسایی شد. آللهای انتقال‌یافته از والدین در QTLهای ردیابی شده برای کلیه صفات مورد بررسی در جهت افزایش عملکرد دانه عمل نمودند. بیشترین تعداد QTL برای روز تا گلدهی ردیابی شد. سه QTL روی کروموزومهای 10 و 4 (دو QTL) برای تعداد روز تا گلدهی مکان‌یابی شد. qLDF-4a و qLDF-4b دارای اثر افرایشی منفی بودند و آللهای والد طارم محلی موتانت باعث کاهش تعداد روز تا گلدهی شد. QTLهای مذکور مجموعا 6/11 درصد واریانس فنوتیپی را توجیه نمودند. نظر به این‌که جمعیت مورد بررسی از تلاقی ارقام بومی و موتانت طارم تهیه شدند و افراد جمعیت حاصل تنها در ژنهای موتانت یافته تنوع نشان دادند؛ لذا QTLهای ردیابی شده در این مطالعه میتوانند دقت بیشتری در مکان و میزان بیان تغییرات داشته باشند و پس از تعیین اعتبار آنها، قابل توصیه برای برنامههای بهنژادی انتخاب به کمک نشانگر می‌باشند.
مهدی رضائی، عبدالرضا کاوند،
دوره 7، شماره 2 - ( 12-1399 )
چکیده
در نخل خرما، تشخیص رقم در نهال‌های جوان حاصل از ریزازدیادی با استفاده از صفات مورفولوژیک دشوار و زمان‌بر بوده و بنابراین استفاده از نشانگرهای مولکولی جهت تسهیل و تسریع این موارد ضروری به نظر می‌رسد. هدف از این مطالعه بررسی قابلیت هشت جفت نشانگر ریزماهواره برای تفکیک و تشخیص رقم در برخی ارقام تجاری و متعاقباً استفاده از داده‌ها برای تشخیص رقم در گیاهچه‌های خرمای حاصل از ریزازدیادی بود. ارقام مورد مطالعه شامل پیارم، زاهدی، مجول، برحی، استعمران، دیری، غنامی سبز، غنامی قرمز و گنطار بودند. با توجه به دشواری کوبیدن برگ خرما با استفاده از هاون در حضور ازت مایع، روشی کارآمد برای کوبیدن برگ‌های خرما با استفاده از دستگاه Tissue Lyser II بهینه‌سازی شد. برای انجام واکنش‌های زنجیره‌ای پلی‌مراز از هشت جفت آغازگر ریزماهواره استفاده شد. نتایج نشان داد که در صورت استفاده از این سیستم نشانگری و در دسترس بودن ارقام شاهد قابل‌اطمینان، می‌توان اصالت گیاهچه‌های حاصل از ریزازدیادی را ارزیابی کرد. گروه‌بندی ارقام نشان داد که تمامی ارقام مورد مطالعه با استفاده از پنج جفت آغازگر ریزماهواره شامل mPdCIR025، mPdCIR057، mPdCIR070، PDAG1003 و DP175قابل تفکیک بودند. نتایج حاصل از تهیه بارکد اختصاصی برای هر رقم نشان داد که آلل شماره c1 (با اندازه تقریبی 235 جفت‌باز) در رقم پیارم و آلل d3 (با اندازه تقریبی 230 جفت‌باز) در رقم مجول اختصاصی بودند. در نهایت برای ایجاد قابلیت رجوع به نتایج، دیاگرام تفکیک ارقام ترسیم شد.
قاسم اقلیما، عزیزاله خیری، محسن ثانی خانی، جواد هادیان، میترا اعلائی،
دوره 8، شماره 1 - ( 5-1400 )
چکیده
در این بررسی برای مطالعه تنوع ژنتیکی 22 جمعیت شیرین‌بیان از نشانگر مولکولی ISSR استفاده شد. تعداد 12 آغازگر برای تکثیر قطعات DNA ژنومی جمعیت‌های شیرین‌بیان استفاده شد. تنوع ژنتیکی مطلوبی براساس نشانگر ISSR در بین افراد مشاهده شد. در کل 130 باند تشکیل شد و 105 باند دارای چندشکلی بودند. میانگین درصد چندشکلی در بین جمعیت‌های مطالعه شده برابر 80.47 محاسبه شد. بیشترین درصد چندشکلی به آغازگرهای IS23، IS21، IS9، IS13 و IS15 اختصاص داشت. میانگین محتوی چندشکلی (PIC) و میانگین شاخص نشانگر (MI) به‌ترتیب 0.347 و 2.47 بود. شاخص اطلاعاتی شانون (I) در سطح جمعیتها بین 0.207 تا 0.393 و شاخص تنوع ژنی نی (h) بین 0.140 تا 0.270 متغیر بود. در کل جمعیت داراب کمترین تنوع ژنتیکی و جمعیت سلطانیه بیشترین تنوع ژنتیکی را نشان دادند. درصد مکانهای ژنی پلی‌مورف بین 35.24 تا 65.71 درصد متغیر بود. میانگین تعداد آللهای مشاهده شده و مؤثر در هر مکان‌ژنی به‌ترتیب 1.46 و 1.34 محاسبه گردید. بر مبنای میزان فاصله ژنتیکی نی، جمعیت‌های بردسیر و بافت دارای بیشترین تشابه ژنتیکی (0.888) و جمعیت‌های بردسیر و سلطانیه دارای کمترین تشابه ژنتیکی (0.132) بودند. افراد جمعیت‌های مختلف مورد مطالعه با استفاده از تجزیه خوشه‌ای به روش UPGAM و ضریب تشابه جاکارد در سه گروه اصلی گروه‌بندی شدند. نتایج حاصل نشان داد که نشانگر ISSR سیستم نشانگری قابل اطمینان برای آشکاری‌سازی سطح بالایی از چندشکلی است و می‌توان از آن در بررسی تنوع ژنتیکی و انجام برنامههای اصلاحی در شیرین‌بیان استفاده نمود.
سعید نواب پور، احد یامچی، ساسان گل چشمه،
دوره 8، شماره 1 - ( 5-1400 )
چکیده
مطالعه حاضر جهت طبقه‌بندی و بررسی تنوع ژنتیکی بین نمونه‌های استبرق مناطق مختلف استان کرمان با استفاده از نشانگرهای ISSR انجام شد. در مجموع DNA مربوط به 14 نمونه گیاهی با 9 آغازگر ISSR با استفاده از واکنش PCR تکثیر شد و الگوی باندی آنها به‌دست آمد. آغازگرهای مورد استفاده چندشکلی قابل‌قبولی (35.93) را نشان دادند به‌نحوی‌که حداقل و حداکثر شاخص اطلاعات چندشکل آغازگرهای به‌کار رفته در این مطالعه به‌ترتیب 0.11 برای آغازگر ISSR9 و 0.41 برای آغازگرهای ISSR3 و ISSR8 بود. میزان شباهت ژنتیکی بر اساس شاخص نی از 0.405 تا 0.745 به‌دست آمد و کمترین شباهت ژنتیکی بین نمونه‌های جیرفت 3 و دوساری 2 و بیشترین شباهت ژنتیکی بین نمونه‌های جیرفت 1 و جیرفت 2 بود. با استفاده از تجزیه خوشه‌ای به‌روش UPGMA، نمونه‌ها در چهار گروه قرار گرفتند که گروه‌های دوم و سوم نمونه‌های بیشتری را در خود جای دادند. از نظر نزدیکی ژنتیکی نیز دو نمونه جیرفت 1 و جیرفت 2 که در یک خوشه قرار داشتند، نزدیک‌تر بودند. همچنین نمونه‌های جمع‌آوری شده از عنبرآباد نسبت به سایر نمونه‌ها در فاصله ژنتیکی دورتری قرار داشت. تجزیه به مختصات اصلی نیز نشان داد مؤلفه‌های اول و دوم 67 درصد از تنوع به‌دست آمده را توجیه می‌کنند. به‌طور کلی نشانگرهای ISSR برای طبقه‌بندی نمونه‌های استبرق مفید بود و با توجه به اطلاعات به‌دست آمده مبنی بر وجود تنوع ژنتیکی در بین نمونه‌های استبرق استان کرمان، از این تنوع می‌توان در آینده در بهنژادی و تولید استبرق زراعی بهره جست.
فاطمه رئیسی، لیلا فهمیده، براتعلی فاخری، مجتبی کیخاصابر،
دوره 8، شماره 1 - ( 5-1400 )
چکیده
با توجه به اهمیت تولید خرما در کشور، معرفی ارقام جدید، بهبود ارقام موجود و بررسی تنوع ژنتیکی موجود بین ارقام مختلف برای بهبود کمی و کیفی تولید خرما ضروری است. در این تحقیق تنوع ژنتیکی بین 15 رقم مختلف محلی خرما از شهرستان سراوان و بخش‌های جالق، ناهوک و سینوکان استان سیستان و بلوچستان بررسی شد. به این منظور DNA از بافت برگ نمونه‌ها با استفاده از روش دلاپورتا استخراج و کیفیت و کمیت DNA استخراجی با استفاده از ژل آگارز یک درصد و دستگاه اسپکتروفتومتر تعیین شد. واکنش PCR با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن rbcL بر اساس شرایط مورد نیاز انجام شد و محصول‌های PCR جهت توالی‌یابی ارسال گردید. پس از تعیین توالی، تجزیه و تحلیل‌ها و ترسیم دندروگرام روابط فیلوژنتیک و ماتریس تشابه توالیها با نرم‌افزارهای Bioedit و MEGA7 انجام شد تا روابط خویشاوندی و فاصله ژنتیکی بین ارقام تعیین شود. نتایج تحقیق حاضر نشان داد که برای این نشانگر در مجموع 553 جایگاه مختلف وجود دارد که 505 جایگاه دارای حذف و اضافه و 48 جایگاه بدون حذف و اضافه بود. فاصله ژنتیکی از 0 تا 0.037 و بیشترین تنوع درون منطقه‌ای مربوط به رقم Jm13_sabzoo بود. براساس دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه‌ای، ارقام مورد بررسی به دو شاخه تقسیم شدند که در شاخه اول رقم سبزو از جالق قرار گرفت و سایر ارقام در زیرشاخه‌های مختلف شاخه دوم قرار گرفتند. اگرچه استفاده از نشانگر rbcL برای بررسی تنوع و روابط درون‌گونه‌ای مفید است اما در خصوص ارقام خرمای مورد آزمون در این تحقیق، فاصله ژنتیکی کمی برآورد شد. بنابراین پیشنهاد میشود در مطالعات آینده جهت بررسی تنوع ژنتیکی خرما از سایر بارکدهای DNA و همچنین سایر نشانگرهای مولکولی مناسب استفاده شود.
اسماعیل دستورانی، خلیل زینلی نژاد، مسعود سلطانی نجف آبادی، محمدهادی پهلوانی، حسن سلطانلو، سعید باقری کیا،
دوره 8، شماره 1 - ( 5-1400 )
چکیده
این پژوهش با هدف تعیین گروه‌های هاپلوتایپی و شناسایی آللهای اختصاصی برای صفات مطلوب زراعی گندم نان انجام شد. به‌همین منظور 42 ژنوتیپ گندم بومی ایران و 9 رقم تجاری به‌همراه رقم بهاره چینی (ژنوتیپ مرجع) در قالب طرح آگمنت کشت و از نظر 13 صفت فنوتیپی کمی ارزیابی شدند. نتایج آمار توصیفی نشان داد که صفات طول ریشک و روز تا گلدهی به‌ترتیب بالاترین و پایین‌ترین ضریب تغییرات فنوتیپی را داشتند. به‌منظور بررسی تنوع هاپلوتایپی QTL مرتبط با صفات فنوتیپی واقع بر کروموزومهای 4B و 7D گندم نان از هشت نشانگر ریزماهواره استفاده شد. نتایج نشان داد که ژنوتیپ‌های مورد بررسی با توجه به مطابقت آللی با ژنوتیپ مرجع در کروموزومهای 4B و 7D به‌ترتیب در 13 و شش گروه هاپلوتایپی قرار گرفتند. به‌منظور بررسی وجود ارتباط بین صفات و نشانگرها، تجزیه واریانس در قالب طرح کاملاً تصادفی با تکرار نامساوی برای تک‌تک نشانگرها انجام شد. در مجموع از 13 صفت مورد بررسی، برای هشت صفت ارتباط معنی‌دار آماری مشاهده شد و برای سه صفت به‌طور هم‌زمان یک آلل اختصاصی معرفی گردید. چنانچه اصلاحگر علاقه‌مند به گزینش ژنوتیپ‌هایی باشد که به‌طور هم‌زمان سه حالت مطلوب یعنی گلدهی زودتر، نیمه‌پاکوتاهی و تعداد بیشتر دانه در سنبله را داشته باشند، می‌تواند از آلل اختصاصی شناسایی شده (153جفت‌باز) نشانگر Xgwm149-4B استفاده کند.
محمود اصلان پرویز، ورهرام رشیدی، منصور امیدی، علیرضا اطمینان، علیرضا احمدزاده،
دوره 8، شماره 2 - ( 12-1400 )
چکیده
ارزیابی تنوع ژنتیکی یکی از اصول اولیه برنامه های اصلاحی می باشد که شرایط مناسبی جهت بررسی ویژگی های ژنتیکی و شناسایی آلل های جدید برای به نژادگران گیاهی را فراهم می آورد. در این پژوهش تنوع ژنتیکی موجود در 69 ژنوتیپ بومی و لاین اصلاحی گندم دوروم با استفاده از آغازگرهای ISSR، مورد بررسی قرار گرفت. با استفاده از 16 آغازگر در مجموع 163 قطعه تکثیر شد که 160 قطعه از آنها چندشکل بودند. با توجه به میانگین شاخصهای محتوای چندشکلی (PIC)، قدرت تمایز (Rp) و شاخص نشانگر (MI)، مشخص شد که آغازگرهای استفاده شده کارایی لازم جهت بررسی روابط بین ژنوتیپ‌ها و ساختارهای ژنتیکی را دارند. تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) نشان داد که میزان تنوع درون جمعیتها نسبت به بین جمعیتها بیشتر است. بر اساس مقادیر شاخص های تنوع ژنتیکی مشخص شد که بیشترین تعداد آلل های مشاهده شده (Na)، بیشترین میزان شاخص شانون (I) و درصد مکانهای چندشکل (PPL) مربوط به ژنوتیپ های بومی است. تجزیه خوشه ای و بررسی ساختار جمعیت، تمامی ژنوتیپ های ارزیابی شده را به‌ترتیب در سه گروه اصلی و شش زیرجمعیت دسته‌بندی کردند. به‌طور کلی نتایج به‌دست آمده نشان داد که تنوع ژنتیکی بالایی در درون جمعیت های بومی گندم دوروم وجود دارد؛ بنابراین این مجموعه می تواند به‌عنوان یک منبع ژنی با ارزش جهت گزینش لاین های والدینی جهت استفاده در برنامه های اصلاحی گندم دوروم مورد استفاده قرار گیرد.
سهیلا افکار، فرانک هادی، علی اشرف جعفری،
دوره 8، شماره 2 - ( 12-1400 )
چکیده
فستوکا یکی از بزرگترین جنس‌ها از خانواده گراس‌ها است که بیش از 600 گونه با سطح پلوئیدی متفاوت دارد. این مطالعه با هدف بررسی تنوع ژنتیکی 22 ژنوتیپ از سه گونه فستوکا (Festuca arundinacea، F.ovina و F.rubra) با استفاده از الگوی الکتروفورز پروتئین‌های ذخیره‌ای بذر انجام شد. این گونه‌ها تنوع قابل‌توجهی در تعداد باند‌های پروتئینی از 13-5 نشان دادند. بیشترین تعداد باند در G17 (F.rubra) و کمترین تعداد باند پروتئینی در G5 (F.ovina) مشخص شد. باند شماره 14 کمیاب بود و فقط در G3 در گونه F.ovina مشاهده شد که می‌تواند به‌عنوان یک باند اختصاصی برای شناسایی این ژنوتیپ در نظر گرفته شود. با توجه به نتایج تجزیه AMOVA سطح بالایی از تنوع ژنتیکی درون‌گونه‌ها نسبت به بین‌گونه‌ها وجود داشت که می‌تواند ناشی از ماهیت دگرگشنی در این جنس باشد. با توجه به اختلاف مشاهده شده در شاخصهای تنوع بین سه گونه مورد مطالعه، مشخص شد که گونه‌ها دارای ساختار ژنتیکی متفاوتی هستند. نتایج تجزیه خوشه‌ای بر اساس الگوی پروتئین ذخیره‌ای بذر در ژنوتیپ‌های ارزیابی‌شده با استفاده از ماتریس فاصله اقلیدسی و روش UPGMA، ژنوتیپ‌های مورد مطالعه را در چهار گروه قرار داد. کمترین ضریب تشابه بین G14 و G15 (F.arundinacea) با G6 (F.ovina) وجود داشت، لذا می‌توان نتیجه گرفت گونه‌ها از روند تکاملی متفاوت‌تری تکامل یافته‌اند و بنابراین توصیه میشود به‌عنوان والد در تولید ارقام ترکیبی استفاده شوند. تنوع مشاهده شده در الگوی پروتئینی بذر گونه‌های فستوکا می‌تواند به‌علت هتروزیگوتی ناشی از دگرگشنی، تفاوت گونه‌ها یا جمع‌آوری جمعیتها از مناطق متفاوت باشد.
علیرضا اصغری میرک، سید سیامک علوی کیا، سیدابوالقاسم محمدی،
دوره 9، شماره 1 - ( 6-1401 )
چکیده
بنگدانه به واسطه آلکالوئیدهای هیوسیامین و اسکوپولامین از ارزش دارویی بالایی برخوردار است. بهبود کیفیت و کمیت آلکالوئیدهای بنگدانه با استفاده از روش های بهنژادی پیشرفته، مستلزم ارزیابی تنوع این گیاه است. تنوع ژنتیکی این گیاه با استفاده از نشانگرهای مورفولوژیکی، بیوشیمیایی و مولکولی در مطالعات متعددی بررسی شده و برتری نشانگرهای مولکولی نسبت به سایر نشانگرها به اثبات رسیده است. به‌همین منظور، در سال 1398 تنوع ژنتیکی 96 ژنوتیپ بنگدانه جمع آوری شده از رویشگاه های شمال غرب کشور، با استفاده از نشانگرهای مولکولی IRAP وREMAP مورد بررسی قرار گرفت. برای نشانگرهای IRAP از 36 ترکیب ممکن حاصل از هشت آغازگرLTR ، هفت ترکیب تکثیر مناسب و قابل امتیازدهی داشتند. در نشانگر REMAP از ترکیب 11 آغازگر ISSR با هشت آغازگر LTR استفاده شد که از 88 ترکیب ممکن، 12 ترکیب قابل امتیازدهی بودند. متوسط میزان اطلاعات چندشکلی برای نشانگرهای IRAP و REMAP به ترتیب 0.30 و 0.32 و میانگین شاخص نشانگر برای این دو نشانگر برابر 2.59 و 2.47 برآورد شد. بر اساس این معیارها، نشانگر REMAP در برآورد تنوع ژنتیکی بنگ دانه کاراتر از IRAP بود. در تجزیه واریانس مولکولی با استفاده از این نشانگرها، تنوع درون جمعیتی بیشتر از بین جمعیتی برآورد شد که نشان از تنوع بالای این توده ها در شمال غرب ایران می دهد. تجزیه خوشه‌ای بر اساس نشانگر IRAP نتوانست گونه‌ها و توده ها را از یکدیگر تفکیک نماید ولی بر اساس نشانگر REMAP، گونه‌های H.pusillus و H.reticulatus تا حد بالایی از هم تفکیک شدند. حصول شاخص شانون بالا در این پژوهش، نشان داد که نشانگرهای رتروترانسپوزونی IRAP و REMAP با درج بالای خود در ژنوم توده های بنگ دانه، تنوع ژنتیکی بالایی را در درون توده های بنگدانه القاء نموده اند.
راضیه قربانی، راحله قاسم زاده، هادی علی پور،
دوره 9، شماره 1 - ( 6-1401 )
چکیده
به‌منظور شناسایی مکان های ژنی کنترل‌کننده صفات مورفو-فیزیولوژیک گیاهچه در 88 رقم گندم نان، آزمایشی در شرایط نرمال و تنش شوری 120 میلی مولار (معادل 12 دسی زیمنس بر متر)، در قالب طرح آلفا لاتیس ساده در گلخانه دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه در سال زراعی 1400-1399 انجام شد. صفات میزان کلروفیل a، b و کل، کا روتنوئید، پرولین، وزن تر و خشک گیاهچه، طول گیاهچه، محتوای نسبی آب برگ (RWC) و غلظت یون‌ها (سدیم، پتاسیم و نسبت پتاسیم به سدیم) اندازه‌گیری شدند. پس از ژنوتیپ‌سنجی به‌وسیله توالی‌یابی با فنّاوری Ion Torrent و حذف SNPهایی با بیش از 20 درصد داده گمشده و فراوانی آلل جزئی کمتر از 5 درصد، تعداد 5869 SNP شناسایی شد. بر اساس نقشه یابی ارتباطی با روش مدل خطی مخلوط (MLM) برای شرایط نرمال در مجموع 25 ارتباط نشانگر-صفت (MTA) شناسایی شد. ژنوم A بیشترین و ژنوم D کمترین تعداد MTA را به خود اختصاص دادند. در بین صفات مورد بررسی در شرایط نرمال، کلروفیل a بیشترین تعداد MTA را روی کروموزوم های 1A، 3B، 3D، 5B و 7A نشان داد و برای شرایط تنش شوری 21 MTA شناسایی شد که ژنوم B بیشترین تعداد MTA و ژنوم D کمترین تعداد MTA را به خود اختصاص دادند. برای وزن تر گیاهچه پنج MTA شناسایی شد که روی کروموزوم های 4A و 6B قرار داشتند. نتایج پژوهش حاضر، اطلاعات ارزشمندی در ارتباط با مکان های ژنی مرتبط با صفات مورد مطالعه ارائه میدهد که می توان پس از تأیید در جمعیت های دو والدی و آزمایش‌های تکمیلی، در برنامه های بهنژادی گندم در گزینش به کمک نشانگر از این یافته‌ها استفاده نمود.
حلیمه اربابی، مجتبی کیخاصابر، لیلا فهمیده، ولی الله قاسمی عمران،
دوره 9، شماره 2 - ( 12-1401 )
چکیده
لوفا با نام علمی Luffa cylindrica گیاهی از خانواده کدوییان است که بیشتر در مناطق گرمسیری و نیمه‌گرمسیری جهان از جمله در اکثر مناطق ایران رشد میکند. در این تحقیق تنوع ژنتیکی 9 ژنوتیپ بومی و غیربومیL. cylindrica از طریق ارزیابی ناحیه بین‌ژنی trnH-psbA (IGS) کلروپلاستی مورد بررسی قرار گرفت. پس از نمونه‌برداری از برگ‌های جوان، استخراج DNA به‌روش دلاپورتا و PCR با استفاده از آغازگرهای ناحیه بین‌ژنیIGS انجام شد. محصولات تکثیر شده پس از تعیین توالی، با استفاده از نرم‌افزار Chromas تعیین کیفیت شده و سپس با برنامه ClustalW توسط نرم‌افزارهای BioEdit وMEGA7 هم‌ردیف‌سازی شدند. در ادامه نمودار درختی روابط فیلوژنی و ماتریس تفاوت و تشابه توالیها تعیین و ترسیم شدند. در تحقیق حاضر با بررسی قرابت‌ها با استفاده از نشانگر trnH-psbA (IGS) در میان نمونه‌های مورد مطالعه، تنوع شدید درون‌گونه‌ای در L. cylindrica بومی و غیربومی مشاهده شد. ماتریس فاصله ژنتیکی بین نمونه‌های بررسی شده در این تحقیق از صفر تا 865/6 با میانگین کلی فاصله 53/2 بود. مقدار متوسط جایگزینی‌های مترادف و غیرمترادف (dN/dS) برای توالی IGS 68/0ds/dn = بود که نشان دهنده گزینش‌های مثبت و خالص در روند انتخاب طبیعی ژنوتیپ‌های مورد مطالعه می‌باشد. تاکنون هیچ مطالعه‌ای در خصوص بررسی مولکولی و شناسایی ژنوتیپ‌های بومی مختلف گیاه لوفا در ایران و مطالعات فیلوژنتیکی این ژنوتیپ‌ها صورت نگرفته است. در این تحقیق از نشانگر trnH-psbA (IGS) استفاده شد تا تنوع موجود در برخی از ژنوتیپ‌های لوفای بومی و غیربومی بررسی و فاصله ژنتیکی آنها تعیین شود. نتایج این تحقیق نشان داد که بر اساس درخت فیلوژنی و بررسی فواصل ژنتیکی با کمک نشانگر trnH-psbA تنوع درون‌گونه‌ای این گونه گیاهی به‌خوبی قابل ارزیابی می‌باشد.
حسین عبدی، هادی علی پور، ایرج برنوسی، جعفر جعفرزاده،
دوره 10، شماره 1 - ( 6-1402 )
چکیده
ارزیابی ساختار جمعیت، جهت درک الگوهای تنوع، انتخاب والدین مناسب برای تلاقی، شناسایی دقیق مکانهای ژنومی کنترل‌کننده صفات، مطالعات تکاملی و روابط خویشاوندی ضروری است. در جریان تحقیق حاضر، ساختار ژنتیکی در جمعیتی متشکل از 383 ژنوتیپ گندم ایرانی از گونه‌های هگزاپلوئید (ارقام زراعی و توده‌های بومی) و تتراپلوئید بر اساس روش‌های مبتنی‌بر فاصله (تجزیه به مؤلفه‌های اصلی و تجزیه تابع تشخیص مؤلفه‌های اصلی) مورد مطالعه قرار گرفت. بدین منظور از 16270 نشانگر چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) به‌دست آمده توسط روش GBS، استفاده شد. بر اساس نتایج، تقریباً یک‌چهارم از واریانس کل به تنوع بین جمعیتها تعلق داشت و ضریب Fst بین ارقام زراعی و توده‌های بومی برابر با 0.15 به‌دست آمد. در حالی‌که ضریب فوق بین نمونه‌های تتراپلوئید و توده‌های بومی هگزاپلوئید بالا و برابر با 0.44 بود. ژنوم D کمترین مقدار شاخص Fst را به خود اختصاص داد و کروموزوم 4B بیشترین میزان ضریب Fst و سایر شاخص تنوع ژنی را نشان داد. گرچه بای‌پلات PCA، ارقام زراعی و توده‌های بومی گندم‌های هگزاپلوئید را به‌خوبی از هم تفکیک نمود، اما نتوانست تمایز روشنی بین نمونه‌های تتراپلوئید با سایر ژنوتیپ‌ها ایجاد نماید. ارزیابی دقیق ساختار جمعیت با روش DAPC توانست به‌طور موفقیت‌آمیزی گروه‌های از پیش تعیین شده را شناسایی و تفکیک کند. این نتیجه بدان دلیل است که رویکرد DAPC تمایز بین گروه‌ها را به حداکثر و تغییرات درون گروه را به حداقل می‌رساند. اختلاط جزئی بین ارقام زراعی و توده‌های بومی هگزاپلوئید را می‌توان به تبادل ژنی بین این دو گروه و یا شاید برچسب‌گذاری اشتباه آنان در زمان جمع‌آوری ارتباط داد. به‌طور کلی، نتایج حاصل از این مطالعه اطلاعات مفیدی درباره تمایز ژنتیکی نمونه‌های گندم تتراپلوئید و هگزاپلوئید ایرانی ارائه داد که می‌تواند در برنامه‌ریزی‌های آتی بهنژادی گندم مورد استفاده قرار گیرد. همچنین حفاظت از این نمونه‌ها در بانک‌های ژن برای استراتژی‌های مختلف ضروری می‌باشد.
مریم قربانی، کیانوش چقامیرزا، سعید عباسی، زهرا عزیزی آرام،
دوره 10، شماره 1 - ( 6-1402 )
چکیده
تحقیق حاضر به‌منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی 18 رقم و لاین امیدبخش لوبیا و شناسایی نشانگرهای آگاهی‌بخش SSR و SCoT مرتبط با 14 خصوصیت دانه شامل تعداد دانه در غلاف، وزن 100 دانه، طول دانه، عرض دانه، پروتئین خام، قند محلول کل، نشاسته، میزان چربی، خاکستر، غلظت آهن، کلسیم، منیزیوم، روی و اسید اورونیک انجام شد. میزان محتوای چندشکلی (PIC) برای نشانگر SSR از 0.2 تا 0.5 با متوسط 0.39 و برای نشانگر SCoT بین 0.19 تا 0.42 با میانگین 0.34 متغیر بود. میانگین کل قدرت تفکیک نشانگر SSR و SCoT به‌ترتیب برابر 1.54 و 5.34 بود که می‌تواند بیانگر مناسب‌تر بودن نشانگر SCoT نسبت به نشانگر SSR برای بررسی تنوع ژنتیکی در ژنوتیپ‌های مورد مطالعه‌ی لوبیا باشد. با دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه‌ای با استفاده از هر دو نشانگر، ژنوتیپ‌های لوبیا به سه گروه متفاوت دسته‌بندی شدند. تجزیه به مختصات اصلی برای نشانگر SSR نشان داد که مجموع تغییرات توجیه شده توسط دو مؤلفه اول برابر با 59.05 درصد و برای نشانگر SCoT تنها 25.43 درصد بود که این موضوع می‌تواند نشان‌دهنده پراکنش بهتر نشانگرهای SCoT نسبت به نشانگرهای SSR در سطح ژنوم لوبیا باشد. تجزیه واریانس مولکولی بر اساس گروه‌بندی حاصل از تجزیه خوشه‌ای نشان داد که تنوع داخل گروه بر اساس نشانگرهای SSR و SCoT به‌ترتیب برابر با 89 و 78 درصد بود. نتایج تجزیه رگرسیون بین نشانگرهای مورد بررسی و خصوصیات دانه لوبیا نشان‌دهنده‌ی وجود ارتباط معنی‌دار هر نشانگر با چندین صفت مورد بررسی بود که این موضوع می‌تواند بیانگر ارتباط یا پیوستگی مکانهای نشانگری باشد. دوازده صفت از 14 خصوصیت مورد بررسی دانه لوبیا با حداقل یک نشانگر مولکولی ارتباط معنی‌دار نشان دادند.
رمضانعلی پورعلی، محمدهادی پهلوانی، خلیل زینلی نژاد،
دوره 10، شماره 2 - ( 12-1402 )
چکیده
افزایش عملکرد دانه در واحد سطح و بهبود کیفیت نان تولیدی از مهم‌ترین اهداف برنامههای بهنژادی گندم در ایران هستند. آگاهی از نحوه کنترل ژنتیکی صفات و دسترسی به نشانگرهای مولکولی یا مورفولوژیکی پیوسته با آنها نیز پیش‌نیاز هرگونه دستورزی‌های ژنتیکی محسوب می‌گردند. در این مطالعه از تعداد 100 نتاج نسل F1 دای‌آلل 10 × 10 کامل و دوطرفه استفاده شد تا ژنتیک عملکرد دانه و ارزش نانوایی آنها با استفاده از نشانگرهای STS مرتبط با زیرواحدهای HMWG مورد تحلیل قرار گیرد. این پژوهش در سال‌های 1399 و 1400 در دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان انجام شد. در سال اول 10 رقم گندم شامل گنبد، مروارید، کلاته، احسان، سیروان، بهاران، چمران2، شوش، مهرگان و برات از نواحی جغرافیایی مختلف ایران در مزرعه کشت و با هم تلاقی داده شدند. در سال دوم والدین و تلاقی‌ها در قالب طرح بلوک کامل تصادفی با سه تکرار کشت و مقادیر عملکرد دانه، تعداد سنبله در بوته، تعداد دانه در سنبله، وزن دانه، روز تا سبز شدن و ارتفاع بوته از روی آنها اندازه‌گیری گردید. نتایج بیانگر وجود تفاوت ژنتیکی معنی‌دار بین والدین بود. تحلیل وراثت‌پذیری خصوصی نشان داد که تلاقی ارقام بهترین روش بهنژادی برای بهبود عملکرد دانه، تعداد سنبله در بوته و روز تا سبز شدن است. بر همین مبنا، برای بهبود تعداد دانه در سنبله، وزن دانه و ارتفاع بوته روش انتخاب، بازدهی بالاتری خواهد داشت. ارقام مروارید و گنبد به‌ترتیب بهترین ترکیب‌‌شونده‌های عمومی برای عملکرد دانه بودند؛ زیرا اثرات ترکیبپذیری عمومی مثبت و معنی‌داری داشتند. بالاترین ترکیبپذیری خصوصی در تلاقی‌های احسان × گنبد، مروارید × چمران 2 و شوش × سیروان مشاهده گردید. نتایج این مطالعه نشان داد که نشانگرهای STS در شناسایی تفاوت ارزش نانوایی ارقام توانمند بودند. امتیاز کیفی ارقام بین 6 تا 10 برآورد شد و کلاته و برات به‌عنوان برترین ارقام شناسایی شدند. برتر شدن رقم برات از هر دو جنبه کمیت و کیفیت در عملکرد تأیید مجددی بر کارآمدی بهنژادی این رقم و بیانگر ارزشمند بودن آن به‌عنوان والد حاوی ژنهای مطلوب می‌باشد. در مجموع، نشانگرهای STS به‌کار گرفته شده در این مورد مطالعه، ابزار مفیدی برای بهبود زمینه ژنتیکی گندم و با استفاده از آنها در انتخاب به کمک نشانگر برای ارزش نانوایی هستند.
نسرین اکبری، سیامک علوی کیا، مصطفی ولیزاده،
دوره 10، شماره 2 - ( 12-1402 )
چکیده
با توجه به افزایش جمعیت جهان و مصرف بالای گندم نان در جوامع بشری و همچنین بالا بودن ضایعات نان که بخش عمده آن ناشی از پایین بودن کیفیت آن است، برنامههای بهنژادی کیفیت گندم نان از اهمیت بالایی برخوردار هستند. از این‌رو، ارزیابی کیفی دانه‌ها و بررسی تنوع ژنتیکی معیارهای کیفیت نانوایی در لاین‌های حاصل از تلاقی‌ها حائز اهمیت است. به این منظور، الگوی نواری پروتئین‌های گلیادین در 28 لاین اینبرد نوترکیب به‌همراه والدین و 10 رقم تجاری، به روش A-PAGE مورد بررسی قرار گرفت. میزان تنوع بین و درون لاین‌ها و ارقام بر اساس الگوی نواری پروتئین‌های گلیادین با استفاده از روش AMOVA تعیین شد. تجزیه خوشه‌ای نیز برای ارقام و لاین‌های اینبرد نوترکیب صورت گرفت. نتایج حاکی از وجود تنوع بالا در مکانهای ژنی کنترل‌کننده گلیادین با میانگین کل 73.96 درصد بود که درصد چندشکلی در لاین‌ها و ارقام تجاری به‌ترتیب 91.67 و 56.25 درصد برآورد شد. کمترین و بیشترین تعداد نوار گلیادین در ژنوتیپ‌های مورد مطالعه، به‌ترتیب 12 و 25 نوار بود. همچنین بر اساس آماره PhiPT، اختلاف معنی‌داری از لحاظ الگوی پروتئین گلیادین بین ارقام تجاری و لاین‌های اینبرد نوترکیب در سطح احتمال 5 درصد مشاهده شد. تجزیه خوشه‌ای و آزمون تجزیه به مختصات اصلی با استفاده از الگوی نواری پروتئین‌های گلیادین به‌ترتیب منجر به تشکیل چهار و سه گروه متمایز شد و تا حدودی لاین‌ها را از ارقام مورد مطالعه تفکیک کردند. بیشترین تنوع در زیرواحد ω -گلیادین‌ها مشاهده شد. به‌طور کلی با توجه به نتایج مطالعه حاضر چنین می‌توان گفت که ω-گلیادین‌ها نقش بیشتری در تنوع مورد مشاهده در ژنوتیپ‌های مورد مطالعه و کیفیت نانوایی آنها داشتند.
سحر امیری، هومن سالاری، علیرضا اطمینان،
دوره 11، شماره 1 - ( 6-1403 )
چکیده
گوجه‌فرنگی دومین محصول محبوب در میان محصولات سبزی و سیفی در جهان است؛ از این‌رو شناسایی میزان تنوع در ژرم‌پلاسم آن به‌عنوان پیش‌نیاز انجام فعالیت‌های بهنژادی اهمیت زیادی دارد. هدف از این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی ارقام گوجه‌فرنگی پیشتر کشت‌شده، در حال کشت و لاین‌های امیدبخش، در ایران بود. برای این منظور از 20 آغازگر هدفمند ژنی مبتنی‌بر نواحی CAAT-box (CBDP) استفاده شد. آغازگرها در مجموع 406 قطعه ژنومی را تکثیر کردند که از این تعداد، 215 باند چندشکل نشان دادند؛ به‌طوری که میانگین درصد چندشکلی برابر 51 درصد تعیین شد. میانگین شاخص محتوای اطلاعات چندشکل (PIC) و قدرت تفکیک (Rp) به‌ترتیب 0.30 و 4.49 برآورد گردید که بیانگر کارایی نسبتاً مناسب آغازگرهای مورد استفاده بود. فاصله ژنتیکی ارقام بر اساس ضریب جاکارد از 0.16 تا 0.54 متغیر و میانگین آن 0.38 برآورد شد. کمترین و بیشترین فاصله ژنتیکی به‌ترتیب در ارقام Matin و Sana برابر با 0.16 و ارقام Hypeel 303 و 693 برابر با 0.54 بود. تجزیه خوشه‌ای بر اساس ضریب فاصله جاکارد و الگوریتم اتصال همسایگی ارقام را به پنج گروه تقسیم کرد و نتایج حاصل از تجزیه به مختصات اصلی به‌طور نسبی با دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه‌ای مطابقت داشت. دو مؤلفه اول فقط 15.04 درصد از کل تغییرات را توجیه کردند. این پژوهش تنوع ژنتیکی ارقام گوجه‌فرنگی در ایران را تا حدودی پایین ارزیابی کرد، اما آغازگرهای مورد استفاده میتوانند به شکل مناسبی آنها را از هم تفکیک نمایند. بر همین اساس آغازگرهای CBDP18 و CBDP12 بهترین آغازگرها در تمایز ارقام بودند. با توجه به نتایج این تحقیق، بر ضرورت توجه و استفاده از منابع ژنتیکی متنوع و توسعه ارقام جدید در تولید محصول گوجه‌فرنگی از یک‌سو و بررسی‌های پیش از واردت بذور گوجه‌فرنگی از سوی دیگر برای جلوگیری از آسیب‌پذیری ژنتیکی و وقوع اپیدمی‌های خطرناک نظیر بیماری‌های قارچی تأکید میشود.
اسمعیل طالبی کویخی، بهرام ملکی زنجانی، مصطفی مدرسی، علیرضا ترنگ،
دوره 11، شماره 1 - ( 6-1403 )
چکیده
مقوله امنیت غذایی متأثر از عوامل متعددی است که از مهم‌ترین آنها می‌توان به افزایش کمی و کیفی محصولات کشاورزی اشاره نمود. با توجه به نقش برنج در تغذیه روزانه ایرانیان و لزوم افزایش بهره‌وری از منابع محدود سرزمینی برای تأمین نیاز به این محصول مهم، ناچار به افزایش عملکرد در واحد سطح می‌باشیم. شناسایی ژنوتیپ‌هایی که حاوی آللهای ژنهای مرتبط با بهبود عملکرد هستند یکی از روش‌های بهنژادی گیاهی برنج برای تولید ارقام پرمحصول است. با توجه به اهمیت صفت تعداد دانه در خوشه و اثر آن در افزایش عملکرد در واحد سطح، در این پژوهش، از میان چندین ژن مرتبط با عملکرد، جداسازی ژنوتیپ‌های برنج با استفاده از نشانگر عملکردی مرتبط با ژن Gn1a (Grain number 1a) مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور 52 ژنوتیپ محلی و اصلاح شـده برنج از کلکسیون مؤسسه تحقیقات برنج کشور تهیه و صفت تعداد دانه بر اساس ارزیابی‌های فنوتیپی در مزرعه و آزمایش مولکولی مبتنی بر الگوی باندی ایجاد شده با آغازگر اختصاصی ژن Gn1a مورد بررسی قرار گرفت. نتایج ارزیابی ژنتیکی ارقام منجر به شناسایی 15 رقم دارای آللهای مرتبط با صفت تعداد زیاد دانه و 37 رقم فاقد این آلل‌ها گردید. ارزیابی‌های فنوتیپی نیز اطمینان و دقت نشانگر مورداستفاده برای پیش‌بینی و متمایز کردن ارقام جهت برنامههای اصلاحی آتی را تأیید نمود.
فاطمه باقرزاده، حنانه میراحمدی، ثریا پورتبریزی، علی کاظمی پور، مریم درانی نژاد، روح اله عبدالشاهی،
دوره 11، شماره 1 - ( 6-1403 )
چکیده
زنگ نواری (زرد)، با عامل قارچی striiformis f. sp. tritici (Pst)Puccinia یکی از مهم‌ترین بیماری‌های گندم در اغلب نقاط دنیا به‌حساب می‌آید. بهترین روش مقابله با این بیماری، ایجاد مقاومت ژنتیکی است. عامل این بیماری خیلی سریع تکامل پیدا میکند و به‌همین دلیل مقاومت ناشی از ژنهای بزرگ اثر شناسایی شده برای مقاومت، شکسته شده است. در این پژوهش ژنهایYr5 و Yr15 که مؤثرترین ژنهای مقاومت در مرحله گیاهچه‌ای هستند، با استفاده از روش تلاقی برگشتی به‌کمک نشانگر به ارقام ایرانی بهاران، رخشان، ستاره، سیوند، پارسی و امین منتقل شدند. شش پروژه بهنژادی جداگانه برای انتقال این ژن‌ها به ارقام یاد شده انجام شد. هر رقم با لاین‌های استاندارد 15/6*Avocet‘S’Yr و 5/6*Avocet‘S’Yr (والدهای بخشنده) تلاقی داده شد. نتاج نسل اول (F1) با ارقام ایرانی (والدهای تکراری) تلاقی برگشتی داده شدند. با ژنوتیپ‌یابی 30 بوته تصادفی از نتاج BC1F1در هر پروژه، ژنوتیپ‌های هتروزیگوت حامل ژن مقاومت با استفاده از نشانگر اختصاصی مشخص شد و تلاقی برگشتی دوم صورت گرفت. به طور کلی نتایج این مطالعه نشان داد که در هر جمعیت لاین مقاوم در برابر زنگ نواری را می‌توان با تکرار چند نسل تلاقی برگشتی و یک نسل خودگشنی، ایجاد کرد. انتقال ژنهای مقاومت به زنگ زرد و هرمی کردن آنها در ارقام مورد بررسی علاوه بر افزایش احتمال ممانعت از کاهش عملکرد در سال‌های اپیدمی این بیماری و ایجاد مقاومت پایدار، از لحاظ زیست محیطی نیز اثرات مطلوبی خواهد داشت.
