|
|
|
|
|
 |
جستجو در مقالات منتشر شده |
 |
|
7 نتیجه برای سهرابی
سیده زهرا حسینی، احمد اسماعیلی، سید سجاد سهرابی،
دوره 5، شماره 2 - ( 12-1397 )
چکیده
خشک‌سالی یکی از عوامل مهم محدودکننده تولید در جهان است و کاربرد روشهای بهنژادی یک راهکار اساسی در تولید ارقام متحمل و سازگار به تنش خشکی می‌باشد. به‌منظور بررسی و تعیین مؤثرترین شاخص‌های تحمل به تنش و شناسایی ژنوتیپ‌های متحمل به تنش خشکی، 15 ژنوتیپ گلرنگ، در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار در دو شرایط (تنش کم‌آبیاری و بدون تنش)، مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج تجزیه واریانس نشان داد که اختلاف معنی‌داری بین ژنوتیپ‌ها از نظر صفات مورد مطالعه، شاخص‌های مقاومت به تنش و نیز عملکرد در دو شرایط محیطی تنش و بدون تنش وجود دارد. همبستگی مثبت و معنی‌داری بین عملکرد دانه در شرایط تنش با شاخص تحمل تنش میانگین هارمونیک و شاخص میانگین هندسی بهره‌وری برآورد شد و نشان داد که این شاخص‌ها برای تعیین ژنوتیپ‌های متحمل به خشکی مناسب می‌باشند. بین شاخص‌های حساسیت به تنش و شاخص تحمل با عملکرد دانه در شرایط تنش هیچ رابطه معنی‌داری دیده نشد، بنابراین این شاخص‌ها برای شناسایی ژنوتیپ‌های متحمل به خشکی مناسب نبودند. در مجموع با استفاده از نمودار پراکنش سه‌بعدی، تجزیه به مؤلفه‌های اصلی و تجزیه بای‌پلات، دو ژنوتیپ 6 (Syrian) و 8 (Kino-76) به‌عنوان متحمل‌ترین ژنوتیپ‌ها برای شرایط تنش خشکی و پر عملکردترین ژنوتیپ‌ها برای شرایط بدون تنش انتخاب شدند.
سید سجاد سهرابی، سید محسن سهرابی، سید کریم موسوی، محسن محمدی،
دوره 7، شماره 1 - ( 6-1399 )
چکیده
زعفران (.LCrocus sativus ) ارزشمندترین و گران‌ترین ادویه در سطح جهان است. کلاله‌های این گیاه منبع آپوکاروتنوئیدهای با ارزشی مانند کروسین، پیکروکروسین و سافرانال هستند. مطالعات ترنسکریپتومی و بیانی ژن‌ها یکی از مهم‌ترین مراحل در بررسی تولید متابولیت‌های ثانویه در گیاهان هستند. یکی از پیش‌نیازهای مهم در این گونه مطالعات، شناسایی ژن‌های مرجع قابل‌اعتماد و پایدار به‌منظور نرمال‌سازی بیان سایر ژن‌ها است. در پژوهش حاضر، با استفاده از ترنسکریپتوم گیاه زعفران هشت ژن مرجع شناسایی و تعیین توالی شد، سپس میزان پایداری بیان آنها با استفاده از روشهای غیرپارامتریک مورد بررسی قرار گرفت. نتایج تکثیر و توالی‌یابی، جداسازی صحیح هشت ژن مرجع Actin، EF1، GAPDH، H3، MDH، TBP، UBC و UBQ را از گیاه زعفران نشان داد. بررسی میزان پایداری بیان ژن‌های مرجع نشان داد که ژن‌های MDH و UBQ به‌ترتیب بیشترین میزان پایداری را بین بافت‌های مختلف گیاه زعفران داشته و کمترین میزان پایداری مربوط به ژن TBP بود. در این پژوهش توالی هشت ژن مرجع در زعفران جداسازی و پایداری بیان آنها برای اولین‌بار در بافت‌های مختلف این گیاه سنجیده شد. ژن‌های مرجع شناسایی شده در این پژوهش می‌توانند به‌عنوان ژن‌های پایدار برای نرمال‌سازی بیان ژن‌ها در مطالعات ترنسکریپتومی گیاه زعفران به‌کار برده شوند.
رضا میردریکوند، سید سجاد سهرابی، سید محسن سهرابی، کامران سمیعی،
دوره 8، شماره 2 - ( 12-1400 )
چکیده
امروزه پپتیدهای ضدمیکروبی به‌عنوان نسل جدیدی از آنتی‌بیوتیک‌ها برای درمان بیماری‌های میکروبی در انسان، جانوران و محافظت از گیاهان در مقابل بیمارگر‌های مختلف، شناخته می‌شوند. هوئین‌ها گروهی از پپتیدهای ضدمیکروبی بهشمار می‌روند که به‌دلیل تنوع بسیار بالا و بیان در اندام‌های مختلف گیاهی و همچنین نقش مؤثر در پاسخ به تنش‌های زیستی و غیرزیستی به‌عنوان یکی از مهم‌ترین گروه از پپتیدهای ضدمیکروبی شناخته می‌شوند. هدف مطالعه حاضر شناسایی و جداسازی ژن‌های هوئین در گیاه جو و بررسی خصوصیات و میزان بیان آنها در بافت‌ها و شرایط محیطی مختلف بود. بدین منظور تمام توالی‌های پروتئینی مربوط به ژن‌های هوئین گیاهی از پایگاه NCBI دریافت شدند. پس از به‌دست آمدن توالی مورد توافق، این توالی با استفاده از ابزار tBLASTn در برابر ژنوم جو مورد هم‌ردیفی قرار گرفت. نتایج حاصل از هم‌ردیفی، سرهم‌بندی شده و توالی‌های حاصل بلاست برای تعیین چارچوب خوانش باز (ORF) کامل، دمین‌های عملکردی، سیگنال پپتید، محل تجمع سلولی، خصوصیات فیزیکوشیمیایی، فراوانی اسیدهای آمینه، فعالیت ضدمیکروبی و الگوی بیان مورد بررسی قرار گرفتند. در نهایت با استفاده از واکنش PCR توالی کدکننده کامل هوئین‌ها تکثیر و به‌صورت آزمایشگاهی تأیید شد. در این پژوهش، سیزده ژن هوئین با ORFهایی با طول متوسط 813 جفت‌باز در گیاه جو شناسایی، جداسازی و توالی‌یابی شدند. ژن‌های هوئین جداسازی شده از جو با سایر هوئین‌های گیاهی، از نظر توالی ژنی و پروتئینی و همچنین خصوصیات ساختاری و عملکردی مشابهت بالایی نشان دادند. نتایج نشان داد که هوئین‌های گیاه جو مانند سایر هوئین‌های گیاهی، بدون اینترون و یا دارای تنها یک اینترون هستند و وجود سیگنال پپتید ترشحی، تجمع خارج سلولی، وجود دمین‌های عملکردی ChtBD1 در همه آنها و دمین عملکردی Lyz-like در برخی از آنها، تأیید شد. همچنین نتایج نشان داد که فعالیت ضدمیکروبی و بیان حداکثری در ریشه و اندام‌های زایشی و همچنین بیان در پاسخ به تنش‌های زیستی و غیرزیستی از دیگر ویژگی‌های این پروتئین‌ها است. یافته‌های مطالعه حاضر درک ما را در مورد اثر ژن‌های هوئین در فرآیندهای زیستی گیاه مانند رشد و نمو و همچنین پاسخ به تنش‌های زیستی و غیرزیستی افزایش می‌دهد.
سید محسن سهرابی، سید کریم موسوی،
دوره 9، شماره 2 - ( 12-1401 )
چکیده
نخود (Cicer arietinum L.) یکی از مهم‌ترین محصولات زراعی در سطح جهان است. نخود پس از لوبیا و نخود فرنگی مهم‌ترین لگوم دانه‌ای فصل سرد است. علف‌های هرز یکی از مهم‌ترین تهدید کنندگان تولید نخود در سرتاسر جهان هستند. به‌علت حساسیت نخود به علف‌کش‌ها، عمده‌ی مصرف علف‌کش‌ها به‌صورت پیش‌رویشی بوده و استفاده از علف‌کش‌های پس رویشی محدود است. بنابراین، ارقام بومی نخود متحمل به علفکش که انعطاف‌پذیری بالاتری برای استفاده علف‌کش‌های پس‌رویشی دارند، برای بهبود بازده این محصول مورد نیاز هستند. در این پژوهش، با استفاده از روش زیست‌سنجی بذر و واکنش PCR، مکانیسم‌های مقاومت ارقام نخود ایرانی نسبت به علفکش پرسوئیت مورد بررسی قرار گرفت. نتایج این مطالعه تنوع ژنوتیپی و فنوتیپی قابل‌توجهی را برای تحمل به علفکش پرسوئیت بین ارقام مختلف نخود ایرانی نشان داد. نتایج بررسی مکانیسم مقاومت ژنتیکی نسبت به علفکش پرسوئیت نشان داد که پروتئین‌های هدف این علفکش یعنی ALS1 و ALS2 در تمامی ارقام مورد بررسی با هم و با توالی‌های مرجع موجود در بانک ژن تفاوتی نداشته و این اثبات می‌کند که مقاومت موجود در ارقام مختلف گیاه نخود نسبت به علفکش پرسوئیت در اثر مکانیسم مقاومت محل هدف ایجاد نشده و احتمالاً از مکانیسم مقاومت غیرمحل هدف پیروی می‌کند. ارقام برتر (Bivanij، Aksou، Mansour، TDS-Maragheh90-400 و TDS-Maragheh90-358) حاصل از این پژوهش می‌توانند به کشاورزان توصیه شده و همچنین به‌عنوان والد در آزمایش‌های بهنژادی برای ایجاد ارقام نخود با مقاومت طبیعی به علفکش پیشنهاد شوند.
راضیه خدیور، احمد اسماعیلی، سید سجاد سهرابی، حسن ترابی پوده،
دوره 9، شماره 2 - ( 12-1401 )
چکیده
تنش خشکی یکی از مهم‌ترین عوامل محیطی است که بر رشد و بهره وری گیاهان زراعی از جمله عدس تأثیر می‌گذارد. در طی تکامل، تغییرات ژنتیکی حیاتی به وسیله RNAهای غیرکدکننده (ncRNAs) در پاسخ گیاهان به تنش خشکی و سایر تنش های غیرزیستی به‌وجود آمده است. در مطالعه حاضر، پس از شناسایی lncRNAها در پروفایل بیانی عدس، از داده های RNA-seq و واکنش Real-time PCR برای بررسی الگوی بیان برخی از lncRNAهای شناسایی شده تحت تنش خشکی استفاده شد. همچنین شبکه هم‌بیانی lncRNAs-DEGs با استفاده از بسته نرم‌افزاری psych ترسیم شد. در مجموع طی این مطالعه، 3590 توالی lncRNA در عدس شناسایی شد. تعداد زیادی از lncRNAها با ژن‌های مرتبط با تنظیم ریتم شبانه‌روزی، پاسخ به یون روی، واکنش نوری فتوسنتزی و هموستازی یونی هم‌بیان بودند. همچنین نتایج نشان داد که سه توالی LCUL_evgLocus_104392، LCUL_evgLocus_99066 و LCUL_evgLocus_61876 دارای بیشترین تغییر بیان در پاسخ به تنش خشکی بودند. بررسی هم‌بیانی این توالی‌ها با ژن‌های دارای بیان افتراقی در پاسخ به خشکی سبب شناسایی مسیرهای متابولیکی متأثر از این توالی‌ها گردید. این مطالعه برای اولین بار توالی‌های lncRNA را در عدس شناسایی نمود و گامی مفید در شناخت مکانیسم عملکرد lncRNA در چگونگی تحمل گیاهان به تنش خشکی می‌باشد. شبکه‌ها هم‌بیان این توالی‌ها و ژن‌های دارای بیان افتراقی می‌تواند سبب درک بهتر مکانیسم‌های پاسخ به خشکی در عدس شود.
فروغ جودکی، احمد اسماعیلی، سید سجاد سهرابی، سیده زهرا حسینی، هادی احمدی،
دوره 10، شماره 2 - ( 12-1402 )
چکیده
بلوط گال‌زا (Quercus infectoria) یکی از گونه‌های کمیاب با خواص دارویی کاربردی از خانواده بلوط است. مطالعات مختلف وجود متابولیت‌های ثانویه متعدد با خواص درمانی را در این درخت تأیید کرده‌اند. با وجود اهمیت این گیاه، ساختار ژنتیکی آن مبهم باقی مانده است. بنابراین شناخت ساختار ژنتیکی این گیاه می‌تواند بینش ارزشمندی در مورد کاربردهای بالقوه آن در صنایع مختلف ارائه دهد. ریز RNAها یکی از مهم‌ترین عناصر ژنتیکی هستند که در بیوسنتز متابولیت‌های مهم در گونه‌های مختلف گیاهی نقش مؤثری دارند. علی‌رغم نقش مهم ریز RNAها در گیاهان، تا به امروز هیچ عضوی از این عناصر تنظیمی کوچک در Q. infectoria گزارش نشده است. بنابراین، در مطالعه حاضر، پس از توالی‌یابی و سرهم‌بندی نوپدید پروفایل بیانی Q. infectoria، اقدام به شناسایی ریز RNAهای محافظت شده گردید. بدین منظور از برگ و ریشه درختان بلوط گال‌زا در منطقه شینه قلایی و نهال های دوساله در خرم‌آباد نمونه‌برداری شد. برای استخراج RNA کل از روش Djami-Tchatchou استفاده شد. پس از توالی‌یابی RNA با استفاده از پلتفرم Illumina HiSeq 2500 و کیفیت‌سنجی خوانش‌های ایجاد شده، توالی آداپتورها حذف و خوانش‌های با کیفیت بالا با استفاده از بسته نرم‌افزاری Trinity سرهم‌بندی شدند. برای شناسایی ریز RNAها و ژن‌های هدفشان، تمام توالی‌های ریز RNA گیاهی از پایگاه داده miRbase دانلود شدند. الگوریتم BLASTn برای شناسایی بالاترین شباهت بین یونی‌ژن‌ها و ریز RNAهای بالغ گیاهی مورد استفاده قرار گرفت. علاوه‌بر این، BLASTx برای جستجوی پایگاه‌داده پروتئین‌های غیر تکراری برای حذف یونی‌ژن‌های کدکننده پروتئین استفاده شد. بررسی پیش‌بینی ساختار دوم ریز RNA شامل ارزیابی شباهت بین ژن‌های بالقوه و توالی‌های ریز RNA بالغ با استفاده از ابزارتحت وب mfold صورت گرفت. شناسایی ژن های هدف ریز RNA و هستی‌شناسی ژن به‌ترتیب با استفاده از ابزار تحت وب psRNAtarget و نرم‌افزار OmicsBox انجام شد. پس از پالایش دقیق و سختگیرانه، چهار ریز RNA متعلق به خانواده‌های ریز RNAهای حفاظت‌شده، از جمله qin-miR156، qin-miR399، qin-miR160 و qin-miR172 شناسایی شدند. تجزیه و تحلیل مسیر KEGG نشان داد که ژن‌های هدف در مسیر چرخه سیترات نقش دارند. بررسی ژن های هدف ریز RNAها در Q. infectoria و تجزیه و تحلیل شبکه برهم‌کنشی آنها، در نهایت به شناسایی سه ژن هاب منجر شد. ژن‌های هدف ریز RNAهای شناسایی شده با بیوسنتز گروه‌های آنزیمی مختلف مرتبط بودند، که نشان می‌دهد اکثر ریز RNAها هیدرولازها، ترانسفرازها و اکسیدوردوکتازها را تنظیم می‌کنند. با توجه به نقش ریز RNAها در تنظیم بیان عوامل رونویسی و تأثیر آنها بر ژن‌های دخیل در بیوسنتز متابولیت‌های ثانویه، می‌توان از پتانسیل چنین عناصر تنظیمی به عنوان راهنما و کلید در برنامه‌های بهنژادی بلوط گال‌زا بهره برد.
فاطمه حاتمی، فرهاد نظریان فیروزآبادی، سید سجاد سهرابی، میترا خادمی،
دوره 11، شماره 1 - ( 6-1403 )
چکیده
زعفران (.L Crocus sativus) نه‌تنها یکی از ارزشمندترین محصولات کشاورزی ایران و جهان بهشمار می‌آید، بلکه جایگاه ویژه‌ای در بین محصولات صادراتی و صنعتی ایران دارد. تکثیر این گیاه از طریق بنه صورت می‌گیرد از این‌رو، جلوگیری از آلودگی بنه‌های زعفران با بیمارگر‌ها، چالشی مهم برای حفظ کیفیت و عملکرد محصول زعفران است. بنابراین، بررسی سازوکار‌های ژنتیکی مربوط به واکنش گیاه زعفران به بیمارگر‌های قارچی از جمله عامل پوسیدگی فوزاریومی بنه زعفران (Fusarium oxysporum)، بسیار حائز اهمیت است. با توجه به اینکه گیاهان برای دفاع از خود طیف وسیعی از ژن‌های مقاومت را بیان می‌کنند و در این بین، نقش ژن‌های مربوط به مسیر PTI (Pattern Recognition Receptors: PTI) همانند ژن‌های خانواده LysM-RLK در مقاومت به بیمارگر‌ها بسیار مهم است؛ از این‌رو در این مطالعه ترنسکریپتوم بنه‌های زعفران آلوده به بیمارگر Fusarium oxysporum به منظور شناسایی و بررسی ژن‌های متعلق به خانواده‌های ژنی RLP و RLK، مورد مطالعه قرار گرفت. در مجموع، 45 ژن کدکننده گیرنده‌های (Receptors) مسیر PTI در ترنسکریپتوم زعفران شناسایی شدند که از این تعداد 40 توالی متعلق به خانواده RLP (Receptor-like proteins) و 5 توالی متعلق به خانواده RLK (Receptor-like kinases) بودند. بررسی بیان اعضای این خانواده‌های ژنی نشان داد که بیشترین بیان به‌ترتیب مربوط به توالی‌های Contig-41583 (RLP) و Contig-61879 (RLK) در بافت‌های کلاله و پیاز زعفران بود. همچنین افزایش بیان معنی‌داری این ژن‌ها در نمونه‌های آلوده نسبت به نمونه شاهد مشخص شد. علاوه بر این، نتایج سنجش بیان ژن‌های انتخاب شده (Contig-41583 و Contig-61879) با استفاده از روش qRT-PCR نشان داد که ژن‌های مورد بررسی در تیمار 72 ساعت پس از آلودگی نسبت به تیمار 48 ساعت بیان بالاتری داشته‌اند. یافته‌های این مطالعه نشان می‌دهد که پروتئین‌های RLK به دلیل وجود موتیف LysM عملکردی حیاتی در تعامل بین زعفران و بیمارگر دارد. اتصال موتیف LysM به پپتیدوگلیکان‌های باکتریایی یا کیتین‌های دیواره برخی قارچ‌ها و اوومیست‌ها سبب تحریک پاسخ‌های ایمنی گیاه می‌شود. بهطور کلی، یافته‌های این مطالعه در درک ماهیت اختصاصی روابط بین بیمارگر و گیاه حائز اهمیت بوده و می‌تواند در شناخت مسیر ایمنی PTI مفید باشد.
|
|
|
|
|
|
|
|
|
