برنج نسبت به سایر غلات به آب ‌بیشتری برای رشد و نمو نیاز دارد بنابراین تنش‌های آبی خسارت ‌بیشتری به آن وارد می‌کند و لذا بهبود ارقام برنج برای تحمل به تنش‌های محیطی ضروری است. در این آزمایش 154 رگه ‌خویش‌آمیخته نوترکیب برنج نسل F9 حاصل از تلاقی ارقام شاه‌پسند و IR28 در سه شرایط (بدون تنش، تنش اسمزی 3/0- و 6/0- مگاپاسکال حاصل از پلی‌اتیلن گلیکول) به‌صورت آزمایش فاکتوریل در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی مورد بررسی قرار گرفتند. برای آزمایش مولکولی، چندشکلی 110 نشانگر SSR و EST-SSR بین والدین جمعیت ارزیابی شدند و از بین ‌آن‌ها، 41 نشانگر چندشکل انتخاب شدند. تجزیه رگرسیون ارتباط بین مؤ‌لفه‌های جوانه‌زنی و نشانگرهای مولکولی نشان داد بیشترین ضریب تبیین در شرایط بدون تنش مربوط به نشانگر RM211 برای ضریب آلومتریک (17 درصد)، در 3/0- مگاپاسکال مربوط به RMES10-1 برای وزن خشک ساقه‌چه (18 درصد) و در 6/0- مگاپاسکال مربوط به RM273 برای یکنواختی جوانه‌زنی (7/22 درصد) بود. نشانگر‌های RM3496، RM452 و RMES6-1 در این سه محیط، به‌ترتیب با شش، سه و هشت صفت، بیشترین تعداد ارتباط معنی‌دار با مؤلفه‌های جوانه‌زنی را نشان دادند و می‌توانند کاندید مناسبی جهت بهبود هم‌زمان چند صفت در برنامه‌های به‌نژادی انتخاب به کمک نشانگر باشند. همچنین پس از شناسایی نشانگر‌های معنی‌دار مرتبط با ‌مؤلفه‌های جوانه‌زنی، نزدیک‌ترین ژن‌ها به این نشانگر‌ها ‌به‌صورت بیوانفورماتیکی شناسایی و بیان ‌آن‌ها با استفاده از پایگاه‌ داده ترانسکریپتوم برنج بررسی شد. بر این اساس، بالاترین الگوی بیان تحت تنش خشکی مربوط به ‌مکان‌ژنی LOC_Os01g57220 و در شرایط بدون تنش مربوط به ‌مکان‌ژنی LOC_Os01g26039 شناسایی شد که می‌توان از این اطلاعات در برنامه‌های به‌نژادی استفاده کرد.