آگاهی از میزان تنوع ژنتیکی و درک روابط موجود بین گونهها و تودههای بومی کشور گام مؤثری در راستای حفظ ژرمپلاسم گیاهان میباشد. در این مطالعه تنوع ژنتیکی درون و بین هفده تودهی شوید (Anethum graveolens L.) بومی مناطق مختلف ایران با استفاده از پنج نشانگرISSR بررسی شد. در مجموع ۲۹ باند چند شکل ایجاد شد. میانگین کل چند شکلی ۷/۵۴% بود. بیشترین و کمترین میزان محتوای اطلاعات چندشکل (PIC)، به ترتیب ۴۶/۰ در آغازگر (CA)۸G و ۴/۰ در آغازگر (AG)۸T و میانگین ۴۳/۰ بود. بیشترین و کمترین تنوع ژنتیکی بر اساس شاخصهای درصد مکانهای ژنی چندشکل بهترتیب ۰۷/۶۲ و ۱۰/۹۳، هتروزیگوسیتی مورد انتظار به ترتیب ۲۴۸/۰ و ۳۹۲/۰ و شاخص اطلاعات شانون به ترتیب ۳۶۰/۰ و ۵۶۷/۰ در میان تودهی اردبیل و تودهی آذرشهر مشاهده شد. ماتریس عدم تشابه نشان داد که تودههای ساری و کرمان بیشترین و تودههای اهواز و نهاوند کمترین فاصله ژنتیکی را داشتند. تقسیمبندی تغییرات درون و بین تودهها با استفاده از تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که ۸۸ درصد کل تغییرات ژنتیکی درون تودهها وجود دارد. تجزیه خوشهای بر اساس روش UPGMA ارتباط ضعیف بین فاصله ژنتیکی و فاصله جغرافیایی را در بین تودهها نشان داد.