آگاهی از میزان تنوع ژنتیکی و درک روابط موجود بین گونه‎‎‎ها و توده‎های بومی کشور گام مؤثری در راستای حفظ ژرم‎پلاسم گیاهان می‎باشد. در این مطالعه تنوع ‎ژنتیکی درون و بین هفده‌ توده‌ی شوید (Anethum graveolens L.) بومی مناطق مختلف ایران با استفاده از پنج نشانگرISSR  بررسی شد. در مجموع 29 باند چند شکل ایجاد شد. میانگین کل چند شکلی 7/54% بود. بیشترین و کمترین میزان محتوای اطلاعات چندشکل (PIC)، به ترتیب 46/0 در آغازگر (CA)₈G و 4/0 در آغازگر (AG)₈T و میانگین 43/0 بود. بیشترین و کمترین تنوع ژنتیکی بر اساس شاخص‎های درصد مکان‎های ‌ژنی چندشکل به‌ترتیب 07/62 و 10/93، هتروزیگوسیتی مورد انتظار به ترتیب 248/0 و 392/0 و شاخص اطلاعات شانون به ترتیب 360/0 و 567/0 در میان توده‌ی‎‎ اردبیل و توده‌ی‎‎ آذرشهر مشاهده شد. ماتریس عدم ‎تشابه نشان داد که توده‎های ساری و کرمان بیشترین و توده‎های اهواز و نهاوند کمترین فاصله ژنتیکی را داشتند. تقسیم‎بندی تغییرات درون و بین توده‎ها با استفاده از تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که 88 درصد کل تغییرات ژنتیکی درون توده‎ها وجود دارد. تجزیه خوشه‎ای بر اساس روش UPGMA ارتباط ضعیف بین فاصله ژنتیکی و فاصله جغرافیایی را در بین توده‎ها نشان داد.