|
|
|
|
|
 |
جستجو در مقالات منتشر شده |
 |
|
4 نتیجه برای موضوع مقاله: بیوانفورماتیک
عاطفه خاکپور، مریم ذولفقاری، کریم سرخه،
دوره 6، شماره 1 - ( 6-1398 )
چکیده
شیرین‌بیان یکی از گیاهان دارویی با ارزش و در معرض انقراض است. شناسایی و معرفی توده‌هایی که ماده مؤثره گلیسیریزین بیشتری دارند از برنامه های اصلاحی مهم است. روش‌های ژنومیکس کارکردی مانند تجزیه و تحلیل توالیهای EST، امکان شناسایی خانواده‌های ژنی حفاظت شده بین گونه‌های مورد مطالعه و بررسی بیان ژن و تفسیر ژنوم را فراهم آورده است. در این پژوهش به منظور شناسایی جنبه‌های مولکولی و تحلیل کارکردی ژنوم و شبکه ژنی دخیل در سنتز گلیسیریزین، 55960 توالی EST مربوط به دو گونه مختلف این گیاه و همچنین توالیهای پروتئینی مورد تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی قرار گرفتند. همچنین جهت اعتبار سنجی نتایج، تغییرات بیان نسبی چهار ژن مهم در مسیر بیوسنتز گلیسیریزین شامل اسکوآلن سنتاز(SQS)، بتا- آمرین سنتاز (BAS)، بتا- آمرین 11- اکسیداز (CYP88D6) و UDP- گلوکورونسیل ترانسفراز (UGT) مورد بررسی قرار گرفت. پس از پیرایش و کیفیت‌سنجی اولیه توالیها، 6427 توالی کانتیگ و 30895 سینگلتون ( 37322یونی‌ژن) ایجاد گردید که در مجموع 26884666جفتباز ( 7.06درصد) از ژنوم شیرین‌بیان را پوشش دادند. فعالیت عملکردی ژنومی نشان داد که اکثر ژن‌ها در فعالیت کاتالیزوری و فرآیندهای سلولی و متابولیکی نقش داشتند و معلوم شد که این ژن‌ها در درون سلول و اندامک‌های درون سلولی فعالیت میکنند. مکانیابی این دسته از ژن‌ها نشان داد که ژنهای مهم مسیر سنتز گلیسیریزین در شبکه آندوپلاسمی متمرکز شده‌اند. نتایج اعتبار سنجی با استفاده از qRT-PCR نشان داد که در فصل پاییز و در بافت ریزوم، ژنهای BAS ، CYP88D6، UGT و SQS دارای بیان نسبی بیشتری بودند. نتایج حاصل از این مطالعه می‌تواند برای توالییابی ژنوم، حاشیه‌نویسی (گروه‌های کارکردی)، تنوع ژنتیکی و نیز مطالعات عملکرد مولکولی و ژنومیکسی این گیاه ارزشمند باشد.
حسین زینل زاده تبریزی، سعدالله منصوری، عباس فلاح طوسی،
دوره 8، شماره 1 - ( 5-1400 )
چکیده
تجزیه و تحلیل اثر متقابل ژنوتیپ و محیط با استفاده از روش‌های مختلف آماری در اصلاح‌نباتات اهمیت زیادی دارد. به‌منظور بررسی پایداری عملکرد دانه لاین‌های امیدبخش کنجد با استفاده از معیارهای مختلف پارامتری و ناپارامتری، آزمایشی با ۱۳ لاین امیدبخش کنجد به‌همراه رقم شاهد اولتان در سه منطقه کرج، مشهد و مغان در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی با چهار تکرار در طی دو سال 1395 و 1396 انجام یافت. تجزیه واریانس مرکب داده‌های عملکرد لاین‌های امیدبخش کنجد نشان داد که اثر ژنوتیپ و اثر متقابل ژنوتیپ × سال × مکان در سطح احتمال یک درصد بر عملکرد دانه معنی‌دار بود. محیط کرج-96 بیشترین میانگین عملکرد دانه ژنوتیپ‌ها با 1346 کیلوگرم در هکتار و محیط مشهد-96 کمترین عملکرد دانه ژنوتیپ‌ها با 1001 کیلوگرم در هکتار را به خود اختصاص دادند. بیشترین و کمترین میانگین عملکرد دانه در بین ژنوتیپ‌ها در تمامی محیط‌های آزمون به‌ترتیب مربوط به لاین G6 با 1444 کیلوگرم در هکتار و لاین G12 با 762 کیلوگرم در هکتار بود. نقشه حرارتی به‌همراه تجزیه خوشه‌ای، هم ژنوتیپ‌ها و هم پارامترهای پایداری را به سه گروه تقسیم کرد. بر این اساس، ژنوتیپ G12 در گروه اول، ژنوتیپ‌های G1، G3، G7، G8 و G13 در گروه دوم و بقیه ژنوتیپ‌ها به‌همراه رقم شاهد اولتان در گروه سوم بودند. ژنوتیپ‌های گروه دوم با داشتن بالاترین رتبه در اکثر معیارهای پایداری نسبت به سایر ژنوتیپ‌ها پایدار بودند و از بین آن‌ها ژنوتیپ‌های G8، G1 و G3 به‌ترتیب با میانگین عملکرد دانه 1417، 1398 و 1291 کیلوگرم در هکتار و بالاتر از متوسط عملکرد تمام ژنوتیپ‌ها، انتخاب و قابل توصیه در مناطق مورد آزمون بودند.
راضیه خدیور، احمد اسماعیلی، سید سجاد سهرابی، حسن ترابی پوده،
دوره 9، شماره 2 - ( 12-1401 )
چکیده
تنش خشکی یکی از مهم‌ترین عوامل محیطی است که بر رشد و بهره وری گیاهان زراعی از جمله عدس تأثیر می‌گذارد. در طی تکامل، تغییرات ژنتیکی حیاتی به وسیله RNAهای غیرکدکننده (ncRNAs) در پاسخ گیاهان به تنش خشکی و سایر تنش های غیرزیستی به‌وجود آمده است. در مطالعه حاضر، پس از شناسایی lncRNAها در پروفایل بیانی عدس، از داده های RNA-seq و واکنش Real-time PCR برای بررسی الگوی بیان برخی از lncRNAهای شناسایی شده تحت تنش خشکی استفاده شد. همچنین شبکه هم‌بیانی lncRNAs-DEGs با استفاده از بسته نرم‌افزاری psych ترسیم شد. در مجموع طی این مطالعه، 3590 توالی lncRNA در عدس شناسایی شد. تعداد زیادی از lncRNAها با ژنهای مرتبط با تنظیم ریتم شبانه‌روزی، پاسخ به یون روی، واکنش نوری فتوسنتزی و هموستازی یونی هم‌بیان بودند. همچنین نتایج نشان داد که سه توالی LCUL_evgLocus_104392، LCUL_evgLocus_99066 و LCUL_evgLocus_61876 دارای بیشترین تغییر بیان در پاسخ به تنش خشکی بودند. بررسی هم‌بیانی این توالیها با ژنهای دارای بیان افتراقی در پاسخ به خشکی سبب شناسایی مسیرهای متابولیکی متأثر از این توالیها گردید. این مطالعه برای اولین بار توالیهای lncRNA را در عدس شناسایی نمود و گامی مفید در شناخت مکانیسم عملکرد lncRNA در چگونگی تحمل گیاهان به تنش خشکی می‌باشد. شبکه‌ها هم‌بیان این توالیها و ژنهای دارای بیان افتراقی می‌تواند سبب درک بهتر مکانیسم‌های پاسخ به خشکی در عدس شود.
فروغ جودکی، احمد اسماعیلی، سید سجاد سهرابی، سیده زهرا حسینی، هادی احمدی،
دوره 10، شماره 2 - ( 12-1402 )
چکیده
بلوط گال‌زا (Quercus infectoria) یکی از گونه‌های کمیاب با خواص دارویی کاربردی از خانواده بلوط است. مطالعات مختلف وجود متابولیت‌های ثانویه متعدد با خواص درمانی را در این درخت تأیید کرده‌اند. با وجود اهمیت این گیاه، ساختار ژنتیکی آن مبهم باقی مانده است. بنابراین شناخت ساختار ژنتیکی این گیاه می‌تواند بینش ارزشمندی در مورد کاربردهای بالقوه آن در صنایع مختلف ارائه دهد. ریز RNAها یکی از مهم‌ترین عناصر ژنتیکی هستند که در بیوسنتز متابولیت‌های مهم در گونه‌های مختلف گیاهی نقش مؤثری دارند. علی‌رغم نقش مهم ریز RNAها در گیاهان، تا به امروز هیچ عضوی از این عناصر تنظیمی کوچک در Q. infectoria گزارش نشده است. بنابراین، در مطالعه حاضر، پس از توالییابی و سرهم‌بندی نوپدید پروفایل بیانی Q. infectoria، اقدام به شناسایی ریز RNAهای محافظت شده گردید. بدین منظور از برگ و ریشه درختان بلوط گال‌زا در منطقه شینه قلایی و نهال های دوساله در خرم‌آباد نمونه‌برداری شد. برای استخراج RNA کل از روش Djami-Tchatchou استفاده شد. پس از توالییابی RNA با استفاده از پلتفرم Illumina HiSeq 2500 و کیفیت‌سنجی خوانش‌های ایجاد شده، توالی آداپتورها حذف و خوانش‌های با کیفیت بالا با استفاده از بسته نرم‌افزاری Trinity سرهم‌بندی شدند. برای شناسایی ریز RNAها و ژنهای هدفشان، تمام توالیهای ریز RNA گیاهی از پایگاه داده miRbase دانلود شدند. الگوریتم BLASTn برای شناسایی بالاترین شباهت بین یونی‌ژن‌ها و ریز RNAهای بالغ گیاهی مورد استفاده قرار گرفت. علاوه‌بر این، BLASTx برای جستجوی پایگاه‌داده پروتئین‌های غیر تکراری برای حذف یونی‌ژن‌های کدکننده پروتئین استفاده شد. بررسی پیش‌بینی ساختار دوم ریز RNA شامل ارزیابی شباهت بین ژنهای بالقوه و توالیهای ریز RNA بالغ با استفاده از ابزارتحت وب mfold صورت گرفت. شناسایی ژن های هدف ریز RNA و هستی‌شناسی ژن به‌ترتیب با استفاده از ابزار تحت وب psRNAtarget و نرم‌افزار OmicsBox انجام شد. پس از پالایش دقیق و سختگیرانه، چهار ریز RNA متعلق به خانواده‌های ریز RNAهای حفاظت‌شده، از جمله qin-miR156، qin-miR399، qin-miR160 و qin-miR172 شناسایی شدند. تجزیه و تحلیل مسیر KEGG نشان داد که ژنهای هدف در مسیر چرخه سیترات نقش دارند. بررسی ژن های هدف ریز RNAها در Q. infectoria و تجزیه و تحلیل شبکه برهم‌کنشی آن‌ها، در نهایت به شناسایی سه ژن هاب منجر شد. ژنهای هدف ریز RNAهای شناسایی شده با بیوسنتز گروه‌های آنزیمی مختلف مرتبط بودند، که نشان می‌دهد اکثر ریز RNAها هیدرولازها، ترانسفرازها و اکسیدوردوکتازها را تنظیم میکنند. با توجه به نقش ریز RNAها در تنظیم بیان عوامل رونویسی و تأثیر آن‌ها بر ژنهای دخیل در بیوسنتز متابولیت‌های ثانویه، می‌توان از پتانسیل چنین عناصر تنظیمی به عنوان راهنما و کلید در برنامه‌های بهنژادی بلوط گال‌زا بهره برد.
|
|
|
|
|
|
|
|
|
